摘要
关于海洋哺乳动物中病毒感染的了解非常有限，而这类动物正受到人类活动的严重威胁。目前所知的病毒感染主要局限于少数地方性病毒的病理学和流行病学研究。最近，海牛、鲸类等海洋哺乳动物中出现了H5N1禽流感病毒和狂犬病病毒等高致病性病毒，这突显了研究这些物种中病毒传播生态学的重要性。通过宏转录组学方法，我们可以相对无偏地描述完整的病毒群落，从而揭示感染的生态和进化驱动因素。我们在苏格兰通过“苏格兰海洋动物搁浅监测计划”（Scottish Marine Animal Strandings Scheme）采集了15种海洋哺乳动物的RNA样本（共42个样本池，237个组织样本，128只动物）。在42个样本池中有41个检测到了病毒序列，涉及超过120个不同的病毒分类单元（vOTUs）。病毒宿主网络分析表明，病毒群落部分受到宿主分类的影响，海豹和鲸类之间存在明显差异。然而，不同物种之间经常共享某些病毒分类单元，这与已报告的生态相互作用一致（包括海豹和鲸类之间的物种间病毒传播）。广义线性模型分析结果显示，宿主分类对病毒多样性没有显著影响；年龄才是最强的影响因素：幼年个体的样本池中的病毒分类单元数量大约是成年个体的两倍，甚至超过新生个体，这表明种群结构的变化可能会影响海洋哺乳动物中的病毒传播。这些结果为理解人为压力如何加剧海洋哺乳动物的病毒感染提供了依据，并证明了利用基因组学方法研究自然种群中病毒感染生态和进化驱动因素的实用性日益增强。
利益冲突
作者声明没有利益冲突。
数据可用性声明
原始测序数据已提交至SRA（BioProject PRJNA1428137）。用于数据处理的生物信息学工具链可在以下链接获取：https://github.com/mattarnoldbio/MOBI-DICK。支持性数据存储在Zenodo仓库中，链接为：。这些数据包括所有测序样本的元数据；所有最小连续序列长度阈值和百分比同源性阈值下的病毒分类单元信息；每个病毒分类单元的代表性序列及其最接近的同源序列；以及由多个样本池的连续序列组成的病毒分类单元中的所有连续序列对之间的同源性比较结果；还包括与图表相关的代码。所有文件均附有说明文件（README）。
