通过低覆盖率的全基因组测序（WGS）对精液中的游离DNA进行全基因组片段组学分析，发现了与精子发生活动相关的特征性序列

《Genomics》：Genome-wide fragmentomics of seminal-plasma cell-free DNA by low-coverage WGS reveals signatures linked to spermatogenic activity

　　

Marija Lazovska|Dita Gudra|Linda Gailite|Violeta Fodina|Juris Erenpreiss

拉脱维亚里加斯特拉丁斯大学肿瘤学与分子遗传学研究所分子遗传学科学实验室

摘要

精液中的无细胞DNA（sp-cfDNA）来源于男性生殖道的生殖细胞和体细胞，但其全基因组特征尚未得到充分研究。在这项探索性研究中，研究人员对40名男性样本的sp-cfDNA进行了低覆盖度的全基因组测序，并根据精子浓度对这些样本进行了分类。sp-cfDNA的产量随精子数量的减少而降低，在无精症患者中尤为明显；此外，无精症患者的线粒体DNA水平也较高且存在波动。不同组别的片段末端序列组成存在差异，其中141个特定序列可用于区分无精症与正常精子症。微生物来源的cfDNA虽然占比较低，但在无精症样本中含量较高。即使在较浅的测序深度下，染色体级别的覆盖情况也能得到保留，从而支持基本的细胞遗传学分析。综上所述，低覆盖度的全基因组测序能够揭示线粒体、片段组以及微生物的特征，这些特征反映了精子的生成过程，为未来在男性不育症研究中应用cfDNA分析奠定了基础。