《Frontiers in Microbiology》：Combined nasopharyngeal and oropharyngeal sampling improves pathogen detection in community-acquired pneumonia
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社区获得性肺炎（CAP）的病因诊断对精准治疗至关重要。然而，如何选择最佳上呼吸道（URT）采样部位以优化PCR检测结果仍是临床难题。为此，研究人员对484名CAP患者的配对鼻咽（NP）和口咽（OP）拭子进行了多种病原体PCR检测，比较了不同采样点的检出效能。结果显示，不同病原体的最佳采样部位各异：肺炎链球菌（S. pneumoniae）、流感嗜血杆菌（H. influenzae）和肺炎支原体（M. pneumoniae）在口咽部检出率更高，而呼吸道病毒在鼻咽部载量更高。研究表明，采用NP/OP联合采样策略可最大化诊断率，为CAP的快速、全面病原学诊断提供了关键依据。
肺炎，这个古老的疾病，至今仍是全球范围内导致高发病率与死亡率的主要感染性疾病之一。其中，社区获得性肺炎（Community-acquired pneumonia, CAP）尤为常见。确定CAP的确切病原体，是实施靶向抗菌治疗、优化患者管理以及进行感染预防控制的基础。理想的诊断依赖于高质量的样本。虽然下呼吸道样本是CAP病原学诊断的“金标准”，但在急诊等临床场景中，获取上呼吸道（Upper Respiratory Tract, URT）样本更为便捷高效。随着可同时检测多种病毒和细菌病原体的快速多重分子检测技术的普及，一个问题变得至关重要：在众多的上呼吸道采样部位中，究竟哪里才是寻找病原体的“最佳捕猎场”？是鼻咽部（Nasopharynx, NP），还是口咽部（Oropharynx, OP）？过去的研究多集中于单一病原体（如流感病毒）或对比痰液与某一上呼吸道样本，对于全面比较NP与OP采样在检测CAP全谱病原体（包括细菌、非典型细菌和病毒）方面的效能，仍缺乏系统性的证据。这种不确定性可能导致临床采样选择不当，进而造成病原体检出率下降，影响精准诊疗。
为了解答这一关键问题，一项名为“Combined nasopharyngeal and oropharyngeal sampling improves pathogen detection in community-acquired pneumonia”的研究在《Frontiers in Microbiology》期刊上发表。研究人员旨在系统比较NP拭子与OP拭子对多种呼吸道病原体的检测能力，以确定针对不同病原体的最优URT采样方法，从而为临床实践提供循证依据。
本研究主要采用了以下关键技术方法：研究在瑞典斯科讷大学医院进行，前瞻性纳入了484名因CAP住院的成年患者，在入院后48小时内由经过培训的研究护士使用植绒拭子，严格按照操作指南，为每位患者同时采集配对的NP和OP拭子样本。所有样本在通过ISO 15189认证的实验室进行处理。利用核酸提取和多重实时聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction, PCR）技术，对样本进行了一系列病原体检测。其中，病毒检测涵盖了包括甲型/乙型流感病毒、鼻病毒/肠道病毒、人偏肺病毒（hMPV）、呼吸道合胞病毒（RSV）、副流感病毒（PIV）及多种冠状病毒在内的14种呼吸道病毒。细菌检测则针对肺炎链球菌（靶向lytA基因）、流感嗜血杆菌（使用优化的glpQ/hpd基因PCR以区分嗜血杆菌属其他菌种）以及包括肺炎支原体在内的6种非典型细菌。通过统计分析比较了两种采样部位在病原体检出率、一致性（Kappa值）、灵敏度以及反映病原体载量的循环阈值（Cq值）等方面的差异。
患者特征：研究共纳入484名CAP患者，中位年龄73岁，44%为女性。患者合并症包括慢性阻塞性肺疾病（28%）、恶性肿瘤（25%）等，中位症状持续时间为4天，20%的患者在采样前已使用抗生素。
关键呼吸道细菌的位点特异性检测：肺炎链球菌是最常被检出的单一病原体（24%），其在两个采样部位的检出率无显著差异，但有29%的阳性病例仅在OP拭子中检出，高于仅在NP拭子中检出的比例（19%）。流感嗜血杆菌检出率为23%，其中高达40%的阳性病例仅在OP拭子中检出，显著高于仅在NP中检出的6%。肺炎支原体在所有患者中检出率为6%，其中30%的阳性病例仅在OP样本中检出，而仅在NP中检出的比例为11%。这些数据表明，对于这几种关键细菌病原体，OP采样显示出更高的检出潜力，尤其对于流感嗜血杆菌。
不同采样部位的呼吸道病毒检测：共有32%的患者检测到呼吸道病毒。在所有病毒阳性结果中，65%在NP和OP样本中均呈阳性（一致）。值得注意的是，有21%的病毒仅在NP样本中检出，15%仅在OP样本中检出。这表明，单用任何一种采样方式都会漏检相当一部分病毒感染。在具体病毒方面，鼻病毒/肠道病毒、流感病毒和hMPV是最常被检出的病毒。
病原体载量与症状持续时间在一致和不一致样本中的比较：对在NP和OP样本中均为阳性的病例进行分析发现，除肺炎支原体外，所有病原体在NP拭子中的平均Cq值均显著低于OP拭子，提示鼻咽部存在更高的病原体载量。相反，肺炎支原体在OP样本中的Cq值略低。不一致样本（即仅在一个部位阳性）的Cq值通常高于一致样本，表明较低的病原体载量可能导致单一样本漏检。一个有趣的发现是，对于细菌病原体，仅在一个部位呈阳性的患者，其采样前的症状持续时间中位数短于在两个部位均呈阳性的患者；而对于病毒，情况则相反，单一样本阳性的患者症状持续时间更长。这或许反映了疾病进程中细菌与病毒载量变化的不同模式。
该研究的讨论与结论部分深刻阐释了其发现的意义。首先，研究明确了不同病原体存在“偏好”的采样部位。鼻咽采样在检测呼吸道病毒方面更具优势，这可能与鼻咽部病毒载量通常更高有关；而口咽样本则能检出更多的肺炎链球菌、流感嗜血杆菌和肺炎支原体病例。这种差异提示，临床医生在解读单一部位采样（尤其是OP采样）的阴性结果时需要格外谨慎，因为可能因采样位点“不对”而漏诊。
其次，研究强调了联合采样的必要性。无论是对于细菌还是病毒，单独使用NP或OP采样都会导致相当比例的病例被漏诊。例如，单用NP采样会漏检9例流感病毒感染，单用OP采样则会漏检6例。为了提高CAP的总体病原体检出率，最大化诊断效能，采用NP/OP联合采样策略是值得推荐的。这在广泛使用多重PCR检测panel的当下尤其具有实践价值。
再者，研究也对使用上呼吸道样本进行PCR检测的局限性进行了探讨。例如，针对肺炎链球菌lytA基因和流感嗜血杆菌glpQ/hpd基因的PCR，可能存在与口腔微生物组中相近菌种的交叉反应风险，这可能部分解释了为何某些细菌在OP样本中检出率更高但Cq值（提示载量）却更低的现象。因此，未来需要更多研究来评估这些检测方法在上呼吸道样本，特别是口咽样本中的特异性。
综上所述，这项研究为上呼吸道采样在CAP病原学诊断中的应用提供了关键数据支持。它清晰地表明，在社区获得性肺炎的诊断中，没有一种“放之四海而皆准”的上呼吸道采样点。病原体的最佳“藏身之处”因菌（毒）而异。为了不放过任何一个致病原，实现最全面的诊断，鼻咽与口咽的联合拭子采样提供了一种高效、可靠的策略。这不仅有助于临床医生制定更精准的抗感染治疗方案，也对感染防控和抗菌药物管理具有重要意义，推动了CAP诊疗向更精准、更高效的方向发展。
