《Scientific Data》：A chromosome-level genome assembly of the panda loach (Yaoshania pachychilus)
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针对熊猫吸鳅野生种群受威胁、激流适应与体色机制不明等问题，研究人员利用PacBio HiFi和Hi-C技术完成其首个染色体级别基因组组装，总大小451.24 Mb，Contig N50达9.87 Mb，99.2%序列锚定至25条假染色体，注释21,816个蛋白编码基因，BUSCO完整性超97%，为爬岩鳅科系统发育与适应性进化研究提供重要参考。
在山涧溪流中，常能看到一种吸附在岩石上的小鱼，它们凭借特化的腹鳍和胸鳍紧紧贴附在湍急水流下的石面上，这就是熊猫吸鳅（Yaoshania pachychilus）。作为鲤形目爬岩鳅科的成员，这种底栖鱼类天生适应山溪激流环境，其幼体黑白相间的独特体色让它在观赏鱼市场中备受青睐。然而，随着栖息地环境变化与人类活动影响，野生熊猫吸鳅种群正面临日益严峻的生存威胁。尽管其形态与生态特征引人关注，但关于它如何适应激流环境、体色形成机制等关键科学问题的分子基础长期未被揭示，这限制了对其保护策略的制定与演化生物学研究的深入。在此背景下，一项发表于《Scientific Data》的研究完成了熊猫吸鳅的首个染色体级别基因组组装，为该物种及爬岩鳅科的后续研究奠定了关键基础。
为开展此项研究，研究人员采用了多项关键技术方法。样本来源于熊猫吸鳅个体，首先利用PacBio HiFi（高保真长读长测序技术）进行全基因组测序以获取高质量长读长数据，随后结合Hi-C（染色质构象捕获技术）技术辅助基因组组装与染色体挂载，最终获得染色体级别的基因组序列。
研究结果部分，研究首先完成了基因组组装与基本特征评估。通过PacBio HiFi和Hi-C技术的联合应用，最终组装的基因组大小为451.24 Mb，Contig N50（重叠群N50值，反映组装连续性）达到9.87 Mb，显示出极高的组装连续性；其中99.2%的序列成功锚定到25条假染色体（pseudo-chromosomes）上，实现了染色体级别的组装质量。其次，进行了基因组注释与分析。研究人员注释出占基因组27.8%的重复元件（repetitive elements），并预测得到21,816个蛋白编码基因（protein-coding genes）。最后，通过BUSCO（Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs，通用单拷贝直系同源基因集评估工具）对组装质量与注释完整性进行评估，结果显示基因组组装与基因注释的BUSCO完整性均超过97%，证明了该参考基因组的高质量与可靠性。
该研究成功构建了熊猫吸鳅的首个染色体级别参考基因组，其高质量的组装与注释结果为解析该物种的激流适应机制提供了关键遗传资源。通过对基因组特征的深入分析，研究人员获得了关于其基因组成与重复序列分布的基础数据，这为后续探究其吸附相关性状的分子基础、体色形成的调控网络提供了重要线索。同时，该基因组也为爬岩鳅科的系统发育关系重建、适应性进化研究提供了可靠的分子依据，有助于深入理解鲤形目鱼类在激流环境下的演化历程。此外，这一参考基因组的发布对于熊猫吸鳅野生种群的保护遗传学研究和遗传资源保存也具有重要意义，为濒危淡水鱼类的保护策略制定提供了科学支撑。
