《Scientific Reports》：Genome concatenation enables accurate dual RNA-seq mapping for lignocellulolytic fungi in coculture
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针对真菌共培养中因系统发育邻近和同源序列占比高导致dual RNA-seq读段分配准确性不足的难题，本研究以里氏木霉RUT-C30与金顶侧耳为对象，评估个体基因组顺序比对与串联基因组两种映射策略。结果显示串联法计算时间缩减约93%，跨映射/多映射率低（＜2%/＜1.7%），映射率超96%，为木质纤维素降解共培养转录组解析提供高效框架。
在微生物互作研究中，dual RNA-seq（双RNA测序）能同步捕捉宿主与共生体的转录动态，是揭示互作分子机制的利器。然而，当研究对象涉及亲缘关系较近的真菌时，这一技术的“火眼金睛”却常被蒙尘——高度保守的同源序列如同孪生兄弟的指纹，让测序读段（reads）难以精准归队，导致数据错配甚至生物学结论偏差。尤其在木质纤维素降解领域，工业常用菌株如里氏木霉（Trichoderma reesei）与食用菌金顶侧耳（Pleurotus citrinopileatus）的共培养体系，既能协同破碎植物细胞壁，又潜藏着复杂的代谢对话，但其转录组解析长期受限于读段分配的准确性瓶颈。如何让海量读段快速且准确地“认祖归宗”，成为研究者亟待破解的难题。
近日发表于《Scientific Reports》的研究，直面这一痛点。团队聚焦甘蔗渣基质上共培养的里氏木霉RUT-C30与金顶侧耳，系统对比了传统分步基因组比对与创新性基因组串联（concatenated reference genome）两种映射策略。他们发现，尽管两者均实现超96%的高映射率，但串联法以“降维打击”之势将计算耗时压缩约93%，更交出更均衡的物种特异性读段分布与更低的多映射（multimapping）答卷，为混合真菌转录组的精准解码打造了一把高效钥匙。
研究采用的关键技术脉络清晰：基于Illumina NovaSeq平台获取高质量测序读段后，分别构建单基因组独立索引与两基因组物理拼接的串联索引，借助主流比对工具完成读段定位，并通过统计检验验证策略间差异显著性；同时严格控制跨映射（cross-mapping）与多映射阈值，确保定量准确性。
Mapping performance of sequential and concatenated approaches
量化指标是最直观的裁判。175 million高质量读段的洪流中，两种策略的总映射率均突破96%，且个体基因组比对顺序（先T.reesei或先P.citrinopileatus）无统计学差异（p=1.0）。更关键的信号来自干扰项——跨映射与多映射率双双低于2%与1.7%，印证了两真菌虽同为降解“主力军”，但漫长演化距离筑起了足够的序列差异壁垒，使读段“站错队”风险极低。
Comparative efficiency and read distribution balance
效率是串联法的杀手锏。相比需多次索引加载与扫描的分步法，单次运行的串联策略将计算时间从数小时骤降至分钟级（~93%降幅）。同时，它微妙地优化了资源分配：物种特异性读段比例更趋平衡，多映射频率进一步下探，暗示其在复杂群落中可能具备更强的“分辨力”。
Implications for transcript quantification accuracy
精度决定结论可靠性。低交叉污染率托底，基因表达定量的真实性得以保全；而串联法略胜一筹的多映射控制，意味着在近缘物种共存场景（如真菌群落生态学）中，其可减少因序列模糊导致的定量偏倚，为差异表达分析铺就更干净的数据地基。
研究结论掷地有声：对于进化分歧显著的木质纤维素降解真菌对，基因组串联映射不仅完美继承分步法的准确性，更以数量级优势提速计算流程，且在多映射抑制上展现潜力。这不仅是双RNA-seq分析流程的战术升级，更为理解真菌跨界协作降解植物生物质的分子交响提供了可靠技术底座，助力工业酶系开发与合成菌群设计跑出“加速度”。
