基于SNP阵列数据的阿根廷克里奥洛马（Criollo Argentino horse）的遗传多样性研究

《Genetica》：Genetic diversity in the Criollo Argentino horse from SNP array data

克里奥罗马术种遗传分化与多样性研究通过分析24个体，利用65,157个SNP标记，发现其有效种群量与谱系分析一致（Ne=155.6），遗传多样性较高，与秘鲁paso同源，印证了伊比利亚马殖民引入史，为保护管理提供依据。

　　

摘要

克里奥洛阿根廷马（Criollo Argentino）是阿根廷的国宝和传统马种，它既是文化身份的象征，也是该国传统生产系统的重要组成部分。本研究旨在通过分析24匹代表性个体的基因组，评估克里奥洛阿根廷马与其他马种之间的遗传差异，并探究影响其多样性的潜在因素。样本使用包含65,157个标记的中密度SNP（单核苷酸多态性）阵列进行基因分型，并根据不同标准对常染色体SNP数据进行了遗传多样性分析。利用SNP数据中的连锁不平衡（Ne = 155.6）和系谱分析（fe = 157.7）估算了当前的有效种群规模，结果显示这两种方法得出的结果高度一致。预期杂合度、哈迪-温伯格平衡（Hardy–Weinberg equilibrium）及连锁不平衡的测量结果表明，克里奥洛阿根廷马保持了中等至较高的遗传变异性。进一步的研究发现，该马种在基因上具有明确的特征，个体内部存在较高的遗传多样性，并且与其他马种存在显著差异。此外，还将克里奥洛阿根廷马与其他8个马种进行了比较，以评估它们的遗传距离和种群结构。遗传距离、种群结构及固定指数（fixation index）的估算结果与该马种的已知历史和发展情况相符；主成分分析（PCA）和贝叶斯聚类（Bayesian clustering）分析也表明克里奥洛阿根廷马与秘鲁帕索马（Peruvian Paso）具有共同的起源，这两种马种均源自殖民时期引入美洲的伊比利亚马。总体而言，这项研究提供了基因组证据，进一步丰富了克里奥洛阿根廷马的历史和生物学特征描述，为该马种的育种、管理、遗传改良及保护工作提供了科学依据。

克里奥洛阿根廷马是阿根廷的国宝和传统马种，它既是文化身份的象征，也是该国传统生产系统的重要组成部分。本研究旨在通过分析24匹代表性个体的基因组，评估克里奥洛阿根廷马与其他马种之间的遗传差异，并探究影响其多样性的潜在因素。样本使用包含65,157个标记的中密度SNP阵列进行基因分型，并根据不同标准对常染色体SNP数据进行了遗传多样性分析。利用SNP数据中的连锁不平衡（Ne = 155.6）和系谱分析（fe = 157.7）估算了当前的有效种群规模，结果显示这两种方法得出的结果高度一致。预期杂合度、哈迪-温伯格平衡及连锁不平衡的测量结果表明，克里奥洛阿根廷马保持了中等至较高的遗传变异性。进一步的研究发现，该马种在基因上具有明确的特征，个体内部存在较高的遗传多样性，并且与其他马种存在显著差异。此外，还将克里奥洛阿根廷马与其他8个马种进行了比较，以评估它们的遗传距离和种群结构。遗传距离、种群结构及固定指数（fixation index）的估算结果与该马种的已知历史和发展情况相符；主成分分析（PCA）和贝叶斯聚类（Bayesian clustering）分析也表明克里奥洛阿根廷马与秘鲁帕索马（Peruvian Paso）具有共同的起源，这两种马种均源自殖民时期引入美洲的伊比利亚马。总体而言，这项研究提供了基因组证据，进一步丰富了克里奥洛阿根廷马的历史和生物学特征描述，为该马种的育种、管理、遗传改良及保护工作提供了科学依据。