大豆（Glycine max）中IDD基因家族的全基因组鉴定及其在干旱、盐胁迫和不同光照周期条件下的表达谱研究 李如星 宁子翔 董志辉 奚健 史晨杰 陈先莲 何清远 庄少创 杨雪 舒英杰

《Genes》：Genome-Wide Identification of the IDD Gene Family in Soybean (Glycine max) and Their Expression Profiles in Response to Drought, Salt Stress, and Different Photoperiod Conditions Rouxing Li, Zixiang Ning, Zhihui Dong, Jian Xi, Chenjie Shi, Xianlian Chen, Qingyuan He, Shaochuang Chuang, Xue Yang and Yingjie Shu

大豆中27个IDD基因的系统发育及胁迫响应分析，发现其具有ID结构域和C2H2/C2HC锌指基序。基因在14条染色体上非均布分布，与拟南芥IDD同源率高。qRT-PCR显示盐胁迫下12个基因上调，干旱胁迫下16个基因上调，光周期响应中14个基因在短日照下上调，9个基因在长日照下上调。该研究为大豆IDD基因的功能解析提供了理论依据。

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摘要

背景：不定域蛋白（INDETERMINATE DOMAIN proteins, IDDs）是一类特有于植物的转录因子，其成员在调控植物生长发育和环境适应中起着关键作用。然而，目前对于大豆（Glycine max (L.) Merrill）中这一蛋白家族的全面分析仍然有限。 方法与结果：在大豆基因组中鉴定出了27个GmIDD基因，这些基因分布在14条染色体上，且它们的编码蛋白均含有一个保守的INDETERMINATE（ID）结构域，以及两个Cys2His2（C2H2）和两个Cys2HisCys（C2HC）锌指结构域。系统发育分析将这些GmIDD基因分为三个亚组。大豆中的GmIDD基因与拟南芥（Arabidopsis thaliana）中的相应基因具有高度同源性。顺式作用元件分析显示，GmIDD基因的启动子富含光响应元件（如Box4）、激素响应元件（如ABRE和AuxRR-core）以及非生物胁迫响应元件（如MBS和LTR）。qRT-PCR实验结果表明，在盐胁迫条件下，GmIDD3/5/14/22/26基因的表达水平上调，而GmIDD8/9/10/12/16/17/19/20/23/24/25/27基因的表达水平则显著下调；在干旱胁迫条件下，GmIDD4/6/7/10/14/16/19/22/24/25/26/27基因的表达水平上调。GmIDD1/2/3/4/12/14/15/16/17/18/22/23/25/26基因的表达水平在短日照条件下被诱导上调，而GmIDD9/13/19/21基因则在长日照条件下被诱导上调。 结论：本研究为进一步了解大豆IDD基因家族在非生物胁迫耐受性和光周期适应性方面的功能提供了理论基础。