一种新型的巨型噬菌体，能够感染铜绿假单胞菌：基因组学见解与系统发育分类

《Archives of Microbiology》：A novel jumbo phage infecting Pseudomonas aeruginosa: genomic insights and phylogenetic classification

贾德棒状噬菌体vB_Pae_HU_K1-1从污水分离，基因组测序显示281858bp含371个CDS，属Chimalliviridae科但与Noxifervirus相似度<70%，可能为新属。通过STEM、MTT和CV染色验证其无细胞毒性且显著抑制铜绿假单胞菌生物膜（p=0.01）。晶体结构建模揭示chimallin和tubulin-like蛋白特征，AcrFinder鉴定到4个高置信度Acr基因。

　　

摘要

噬菌体作为抗生素的治疗替代品重新受到关注，而巨型噬菌体因其独特的遗传特征而尤为引人注目。在本研究中，从废水中分离出一种新型巨型噬菌体vB_Pae_HU_K1-1，该噬菌体对铜绿假单胞菌（P. aeruginosa）具有溶菌活性。对其基因组进行了测序和注释，随后进行了系统发育分类和比较基因组分析。通过STEM、MOI分析以及一步生长曲线测定法确定了该噬菌体的生物学和形态学特征。利用MTT试验评估了该噬菌体对HaCaT细胞的细胞毒性，并通过CV染色法评估了其抗生物膜效果。此外，还对编码溶菌酶、chimallin和类 tubulin 蛋白的基因进行了同源性建模分析。vB_Pae_HU_K1-1的基因组长度为281,858 bp，包含371个开放阅读框（CDS）。基因组分析表明它属于Chimalliviridae科。然而，其与Noxifervirus属的基因组相似度低于70%，这表明该噬菌体可能代表一个新的属。chimallin和类 tubulin 蛋白的同源性建模进一步支持了这一分类。此外，AcaFinder在vB_Pae_HU_K1-1基因组中识别出四个高置信度的Acr候选基因。体外实验表明该噬菌体对HaCaT细胞没有细胞毒性，生物膜分析显示它能显著抑制铜绿假单胞菌的生物膜形成（p = 0.01）。vB_Pae_HU_K1-1似乎代表了Chimalliviridae科中的一个潜在新属，其独特的遗传结构和功能特征使其区别于其他成员。其抗生物膜活性和体外生物相容性凸显了其在未来治疗和生物技术研究中的潜力，同时也有助于我们了解巨型噬菌体的多样性和功能特性。