基于整合基因本体论（IGO）的对正常子宫内膜的分析，揭示了子宫内膜异位症中关键的失调功能组及其相关通路

《Journal of the Association of Nurses in AIDS Care》：Integrative gene ontology–driven analysis of the eutopic endometrium reveals key dysregulated functionomes and pathways in endometriosis

　　

摘要 简要概述

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背景：

子宫内膜异位症是一种慢性雌激素依赖性炎症性疾病，与盆腔疼痛、不孕症以及子宫内膜异位症相关卵巢癌的风险增加有关。尽管进行了大量研究，但其分子机制仍不完全清楚。本研究旨在利用基于整合功能组学的方法，识别子宫内膜异位症患者正常子宫内膜中失调的生物功能和潜在的分子特征。

方法：

本研究使用公开可用的转录组数据集进行了整合基因本体驱动的功能组学分析。应用了一种改进的差异等级保守算法，重建了10,192个基因本体（GO）定义的基因集的样本特异性基因集规律性（GSR）指数。通过统计分析、探索性因子分析和基于支持向量机（SVM）的机器学习方法，识别出失调的功能组、功能障碍通路和关键差异表达基因（DEGs）。

结果：

研究纳入了196名子宫内膜异位症患者和246名健康对照组。功能组学分析显示，免疫、代谢、血管生成和细胞外基质相关通路存在广泛失调。在排名前50的功能组中，有8个与铜离子转运和稳态相关。整合分析发现了一个反复出现的四基因铜调节特征，包括ATP7A、ATP7B、ATOX1和SLC31A1（p <0.05），表明子宫内膜异位症中铜稳态受到协调性破坏。

结论：

铜离子稳态和铜凋亡相关通路的失调可能是子宫内膜异位症一个此前被低估的分子特征。虽然从这项比较分析中无法确定因果关系，但识别出的铜调节特征为未来的机制研究和转化研究提供了一个可复制的转录组框架。