多模态循环游离DNA分析用于预测转移性去势抵抗性前列腺癌对多西他赛治疗的反应

《npj Precision Oncology》：Multi-modal circulating cell-free DNA profiling to predict response to docetaxel in metastatic castration-resistant prostate cancer

　　

摘要

目前尚无经过临床验证的标志物可用于检测转移性去势抵抗性前列腺癌（mCRPC）对紫杉类药物的敏感性，因此我们试图通过循环游离DNA来预测患者对多西他赛的反应。我们筛选出了180名患者在开始多西他赛治疗前12个月内采集的血浆样本，这些患者均患有mCRPC。其中138名患者接受了超低通量全基因组测序（ULP-WGS），并通过ichorCNA技术分析了肿瘤成分（TFx）和拷贝数变异（CNAs）。有79个样本的TFx值大于0.04，这些样本进一步接受了靶向基因组测序（TPS）。研究结果显示：TP53突变与多西他赛治疗无效显著相关（p = 0.018）；在响应者中，11p、11q、10q和3p臂上的染色体缺失较为常见，而在非响应者中，1p和6q区域的基因扩增较为普遍。我们使用Griffin软件分析了转录因子（TFs）的结合活性，发现ZSCAN4、CTCF、PHOX2B等转录因子的活性在非响应者中趋于增强（n = 22），而PBX1、MYBL2、OSR2、PDX1和ZIC2等转录因子的活性在响应者中增强（n = 24）。通过XGBoost算法整合这些特征集构建的二元分类器在预测多西他赛反应方面的性能优于基于单一特征集的模型，其训练阶段的ROC曲线下面积达到了0.87。为了进行外部验证，我们使用了在卡巴他赛治疗前采集的样本（这些样本代表对多西他赛具有抗性的患者群体），结果显示该分类器在预测患者对多西他赛无反应方面的准确率为79.6%。