综述：交联质谱技术：用于大规模互作组图谱分析的工作流程优化

《Biophysical Journal》：Cross-Linking Mass Spectrometry: Workflow Enhancements for Mapping Large-Scale Interactomes

　　

Shenbaga Moorthy Balakrishnan | Taoufik Nedjadi | Rawiah Alsiary | Hifzur Rahman Ansari

沙特阿拉伯吉达国王阿卜杜拉国际医学研究中心，邮政信箱9515，21423

摘要

体内化学交联结合质谱分析（XL-MS）技术能够直接捕获蛋白质在天然细胞环境中的相互作用（PPIs）。该平台具有独特的能力，能够在接近天然的状态下捕捉到弱或短暂的相互作用，弥补了其他大规模方法在细胞裂解或纯化过程中可能丢失这些关联性的缺陷。工作流程包括选择合适的化学交联剂来稳定生物样本中的PPIs，这些样本范围从细胞器、细胞到整个组织。随后进行仔细的样本制备、高分辨率质谱（MS）分析以及交联肽段的计算鉴定。这一工作流程的每个阶段的持续改进提高了该技术的灵敏度、通量和准确性。一个关键的发展是新型多功能交联剂的设计，这些交联剂具有更好的细胞渗透性、可被质谱切割的位点、富集标签以及多位点反应性。此外，质谱仪器、数据采集策略和计算软件的最新进展也增强了交联识别的深度和可靠性。本综述重点介绍了加速体内 XL-MS应用效果的一般工作流程和最新创新，强调了用于蛋白质组范围PPI映射的实验策略。如果该方法能够成功标准化，将有助于XL-MS得到广泛接受和应用，从而解决各种复杂的生物学问题。