基于SSR和IRAP技术的Idesia polycarpa核心种群的遗传多样性分析

《BMC Plant Biology》：SSR and IRAP-based genetic diversity analysis for core collection of Idesia polycarpa

　　

摘要

Idesia polycarpa是一种具有发展潜力的木本油料作物，在贵州省拥有丰富的种质资源。为了促进其有效保护和利用，研究人员建立了一个核心种质库。通过对来自7个群体的120份样本使用42个多态性引物（18个SSR和24个IRAP）进行遗传多样性分析，发现这些引物的多态性很高（PPL：100%）。在每个引物检测到的位点数量（17.76 vs 9.56）、Ne（1.43 vs 1.31）、H（0.27 vs 0.20）、I（0.61 vs 0.46）以及PIC（0.71 vs 0.89）方面，IRAP的表现优于SSR。Mantel检验表明这两种标记提供的信息具有互补性（r = 0.424，p < 0.001）。不同群体间的遗传多样性存在显著差异，其中贵州省西北部（LPS）的遗传多样性最高，而东南部（QDN）的遗传多样性最低。遗传分化程度较低（Gst = 0.126），基因流也处于中等水平（Nm = 1.73）。UPGMA、PCoA和STRUCTURE分析显示该物种具有明显的遗传结构，并存在一定程度的局部基因混合。最终成功建立了包含30份样本的核心种质库，保留了96.7%的总等位基因。利用IRAP引物（RT19 + RT34）进行的DNA指纹分析实现了个体间的100%区分度。本研究为Idesia polycarpa的保护、育种和可持续利用提供了宝贵的遗传学见解和技术支持。