基于全基因组测序技术，对从埃塞俄比亚亚的斯亚贝巴和Burayu地区部分肉店采集的生牛肉中分离出的大肠杆菌进行了特征分析

《Scientific Reports》：Whole genome sequencing-based characterization of Escherichia coli isolated from raw beef in selected butcher shops in Addis Ababa and Burayu, Ethiopia

　　

摘要

大肠杆菌（E. coli）是一种常见于人类和动物肠道中的共生细菌。某些致病性E. coli菌株可导致严重的食物中毒。尽管在埃塞俄比亚已经开展了关于动物源性食品被E. coli污染的相关研究，但针对E. coli基因组特征的研究仍然较为有限。本研究的目的是评估从生牛肉样本中分离出的E. coli的多样性、毒力谱、致病型以及抗菌素耐药性标记。共有16株E. coli菌株接受了全基因组序列分析。分析使用了多种生物信息学工具，包括AMRFinderPlus和PlasmidFinder，分别用于识别抗菌素耐药（AMR）基因和质粒。鉴定出的主要血清型为O157:H7（25%）和O82:H8（12.5%），这两种血清型占所有测序菌株的37.5%。这些E. coli菌株被分为13个序列型（ST），其中ST11最为常见，且仅从Burayu肉店采集的牛肉样本中分离得到。其中7株（43.8%）属于致病性E. coli：4株为肠致病性E. coli（EPEC），3株为产志贺毒素的E. coli（STEC）。2株STEC菌株被归类为ST101。在这两种致病型中均检测到了两种主要的毒力基因：eae（4/16）和stx1（3/16）。研究中频繁检测到携带在移动遗传元件上的抗菌素耐药性遗传标记，如aph(3’’)-Ib（3株）、aph(6)-Id（2株）、sul2（2株）、tet(B)（3株）以及blaTEM-1（3株）。总之，本研究表明，从肉类样本中分离出的E. coli菌株在特定地理区域内具有克隆相关性，而某些序列型在不同地点也存在，这表明可能存在交叉污染现象。