MolMeDB RDF：将关于生物膜的关系型数据库转换为RDF格式，以提高互操作性

《Journal of Cheminformatics》：MolMeDB RDF: transforming a relational database about biological membranes to the RDF format to increase interoperability

　　

摘要

生物膜模型中分子行为的数据对于预测药理学至关重要，尤其是在模拟生物利用度和靶点结合方面。MolMeDB 提供了一个精心整理的化合物-膜相互作用数据集合。为了促进自动化推理和数据整合，我们将 MolMeDB 转换为资源描述框架（RDF）格式，并通过一个公共的 SPARQL 端点进行公开。转换后的模式包含了社区标准的本体（包括 PubChem 和 ChEMBL 使用的本体），以最大化语义互操作性，并支持复杂的跨数据库联合查询。

科学贡献

生物膜模型中分子行为的数据对于预测药理学至关重要，尤其是在模拟生物利用度和靶点结合方面。MolMeDB 提供了一个精心整理的化合物-膜相互作用数据集合。为了促进自动化推理和数据整合，我们将 MolMeDB 转换为资源描述框架（RDF）格式，并通过一个公共的 SPARQL 端点进行公开。转换后的模式包含了社区标准的本体（包括 PubChem 和 ChEMBL 使用的本体），以最大化语义互操作性，并支持复杂的跨数据库联合查询。

科学贡献

MolMeDB RDF 以机器可读的图形格式提供了分子与膜以及分子与转运蛋白之间相互作用的数据，并与其他 RDF 数据库建立了链接。服务于该数据集的 SPARQL 端点支持灵活的联合查询，包括使用 SACHEM 的结构查询。