基于TGF-β通路的多基因风险评分改变了红肉摄入与结直肠癌风险之间的关联：一种新型基于通路的PRS方法的应用 现已上市销售

《Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention》：TGF-β Pathway–Based Polygenic Risk Score Modifies the Association between Red Meat Intake and Colorectal Cancer Risk: Application of a Novel Pathway-Based PRS Method Available to Purchase

　　

摘要

背景：

红肉和/或加工肉类已被确定为结直肠癌的风险因素。全基因组关联研究（GWAS）报告了200多个与结直肠癌风险相关的变异。我们利用功能注释数据来识别已知通路中的变异子集，构建基于通路的多基因风险评分（pPRS），以评估这些变异与肉类摄入之间的相互作用。

方法：

分析了来自27项研究的30,812例结直肠癌患者和40,504例对照组患者的合并样本。构建了红肉和加工肉类摄入量的分位数。使用Annotation Query（AnnoQ）对204个GWAS变异进行了基因注释，并评估了这些变异在PANTHER报告的通路中的过度表达情况。从显著过度表达的通路中构建了pPRS。通过协变量调整的逻辑回归模型评估了pPRS与红肉或加工肉类摄入量之间的相互作用及其对结直肠癌风险的影响。

结果：

共有30个变异在四个通路中过度表达：早老素/阿尔茨海默病通路、钙黏蛋白/WNT信号通路、促性腺激素释放激素受体通路和转化生长因子-β（TGF-β）信号通路。我们发现TGF-β pPRS与红肉摄入量之间存在显著相互作用 [OR_int = 0.95; 95%置信区间（CI）= 0.92–0.98; P = 0.003]。当评估TGF-β通路中的变异时，观察到红肉与rs2337113（位于Chr18上的SMAD家族成员7基因）和rs2208603（位于Chr6上的骨形态发生蛋白5基因）之间存在显著相互作用；P值分别为0.0005和0.036。其他通路或加工肉类与pPRS之间未发现相互作用。

结论：

这种基于通路的相互作用分析揭示了TGF-β通路中的变异与红肉消费之间存在统计学上显著的相互作用，这种相互作用会影响结直肠癌的风险。

影响：

这些发现揭示了红肉消费与结直肠癌风险之间可能的机制联系。

数据可用性

本研究中用于生成结果的数据可在基因型和表型数据库（http://view.ncbi.nlm.nih.gov/dbgap-controlled）中找到，对应的访问编号为phs001415.v1.p1、phs001315.v1.p1、phs001078.v1.p1、phs001903.v1.p1和phs001856.v1.p1、phs001045.v1.p1。