QMAP：一种用于标准化评估抗菌肽最低抑菌浓度（MIC）和溶血活性回归关系的基准测试方法

《Scientific Reports》：QMAP: a benchmark for standardized evaluation of antimicrobial peptide MIC and hemolytic activity regression

　　

摘要

抗菌肽（AMPs）是传统抗生素的有希望的替代品，但由于数据集和评估协议的不统一，计算方法在抗菌肽发现方面的进展难以量化。我们推出了QMAP，这是一个针对特定领域的基准工具，用于预测抗菌肽的抗菌活性（MIC）和溶血毒性（HC50），它使用具有同源性意识的预定义测试集来进行评估。QMAP在训练数据和测试数据之间实施了严格的序列同源性约束，确保模型性能能够真实反映泛化能力而非过拟合现象。通过应用QMAP，我们重新评估了现有的MIC模型，并为MIC和HC50的回归分析建立了基准。研究结果表明，六年来进展有限，高活性抗菌肽的MIC回归效果不佳，溶血活性的预测能力也很低，这凸显了需要标准化评估方法和改进的建模技术来处理高活性抗菌肽。我们发布了一个Python包以方便实际应用，同时提供了一个由Rust语言加速的数据处理引擎，可以通过pip install qmap-benchmark进行安装。