《ESMO Open》：Tracking structural variants in early breast cancer using a high-sensitivity ctDNA assay predicts relapse in the post-neoadjuvant setting: the multicenter ALIENOR trial
编辑推荐：
背景：识别新辅助化疗（NAC）后高复发风险的乳腺癌患者是临床未满足的重要需求。多中心ALIENOR研究旨在利用超灵敏ctDNA检测技术在NAC后随访期间识别分子残留病灶（MRD）患者。患者与方法：纳入肿瘤未达病理完全缓解的患者进入为期5年的液体活检监测项目。主
背景：识别新辅助化疗（NAC）后高复发风险的乳腺癌患者是临床未满足的重要需求。多中心ALIENOR研究旨在利用超灵敏ctDNA检测技术在NAC后随访期间识别分子残留病灶（MRD）患者。患者与方法：纳入肿瘤未达病理完全缓解的患者进入为期5年的液体活检监测项目。主要目标为评估辅助随访期间ctDNA检测与否患者的无复发生存期（RFI）。对原发肿瘤样本进行全基因组测序（WGS），并采用个性化多重数字PCR（dPCR）检测追踪ctDNA中的结构变异（SVs）。结果：83例患者成功完成SV个性化指纹设计（473份血浆样本）。自手术日期起的中位随访时间为60.6个月（范围7.2-66.3个月），观察到27例临床复发（32.5%）。ctDNA在34例患者中被检出，其中44.1%（15/34）患者的最早阳性样本处于超灵敏范围（<100 ppm）。ctDNA阳性患者RFI更短[风险比（HR）29.2，95%置信区间（CI）6.9-124.0，P < 0.0001]。多变量分析中，ctDNA是临床复发最显著的预后因素（HR 69.7，95% CI 13.3-365.1，P < 0.0001）。ctDNA检出至临床复发的中位提前时间在全队列中为13.9个月（范围0.3-60.6），在雌激素受体阳性/人表皮生长因子受体2（HER2）阴性亚型中为20.9个月（范围5.5-60.6），HER2阳性亚型中为14.2个月（范围3.4-34.4），三阴性（TN）亚型中为4.3个月（范围0.3-19.0）。27例发生局部区域或远处复发的患者中，25例ctDNA可检出（灵敏度92.6%）。34例ctDNA阳性患者中，9例末次随访时尚未复发：6例仅在辅助化疗前初始时间点阳性，1例多个样本阳性但末次随访未复发，2例末次访视阳性。术后血浆样本阴性患者的5年RFI为72.6%（95% CI 60.1%-81.6%）。结论：该研究支持超灵敏ctDNA检测用于高危早期乳腺癌纵向监测的临床有效性。超灵敏范围内的ctDNA检出强调了高灵敏度检测对MRD监测的重要性。
ALIENOR研究是一项由C. Blaye、F.-C. Bidard等法国多中心研究人员开展的关于超灵敏循环肿瘤DNA（circulating tumor DNA, ctDNA）检测技术用于早期乳腺癌分子残留病灶（molecular residual disease, MRD）监测的多中心前瞻性观察性队列研究，相关成果发表于《ESMO Open》。该研究的开展基于当前乳腺癌治疗领域的重要临床需求：尽管包括内分泌治疗、化疗和曲妥珠单抗在内的系统性辅助治疗已显著降低临床试验中的复发与死亡风险，但乳腺癌仍是全球112个国家女性癌症相关死亡的首要原因。近年来，针对三种主要免疫组化（immunohistochemistry, IHC）定义的乳腺癌亚型的新型靶向治疗取得进展，如雌激素受体（estrogen receptor, ER）阳性/人表皮生长因子受体2（human epidermal growth receptor 2, HER2）阴性肿瘤使用阿贝西利和瑞波西利、HER2阳性肿瘤使用恩美曲妥珠单抗、三阴性（triple-negative, TN）肿瘤使用帕博利珠单抗等。然而，这些治疗伴随额外临床与经济毒性，且仅部分患者获益，许多患者接受不必要的治疗，因其基于人群层面的概率策略选择患者，如诊断时淋巴结阳性或新辅助化疗（neoadjuvant chemotherapy, NAC）后未达病理完全缓解等标准。因此，基于患者个体化风险评估、考量治疗反应并可提供纵向复发风险评估的策略更为理想，而ctDNA检测正是识别MRD、高复发风险患者的有效手段。
第一代基于全外显子测序（whole-exome sequencing, WES）的肿瘤知情ctDNA检测技术已证明在分子复发检测中的临床有效性，中位提前时间约10.5个月。第二代更高灵敏度检测技术则采用全基因组测序（whole genome sequencing, WGS）识别肿瘤特异性单核苷酸变异（single nucleotide variants, SNVs）或结构变异（structural variants, SVs），并通过超灵敏检测技术在血浆中追踪MRD。在两项临床研究中，第二代检测技术的中位提前时间分别达15.6和13.9个月，为规划和启动新治疗赢得时间。基于此背景，研究人员设计ALIENOR研究以评估超灵敏ctDNA检测技术的临床有效性、提前时间及预后价值。
该研究采用的主要关键技术方法包括：在法国六家医院开展的前瞻性观察性队列，纳入NAC后未达病理完全缓解（pathological complete response, pCR）的乳腺癌患者；术后10-63天及此后每6个月采集血浆样本进行纵向监测，持续5年；对原发肿瘤样本进行WGS，基于SV设计患者特异性多重数字PCR（digital PCR, dPCR）检测panel（每例患者4-8个SV），利用匹配的白色血层样品过滤胚系变异；ctDNA分析由SAGA Diagnostics（瑞典隆德）集中完成，分析过程对临床病理信息设盲；主要终点为ctDNA检测与否患者的无复发生存期（relapse-free interval, RFI），次要终点包括术后首次样本ctDNA检测的RFI、总生存期（overall survival, OS）、ctDNA检出至复发的提前时间以及首次检出时的ctDNA水平。
研究结果显示，在患者队列与检测设计方面，211例患者经筛查后，120例NAC后未达pCR的患者纳入研究，最终83例患者成功完成SV个性化panel设计（中位8个SVs，范围4-8），473份血浆样本接受ctDNA检测，91%的技术成功率。研究人群涵盖三种IHC亚型：43例ER阳性/HER2阴性、21例HER2阳性、19例三阴性。中位随访60.6个月，27例临床复发（32.5%），11例死亡。在全队列及三种亚型中的超灵敏ctDNA检测方面，ctDNA在34例患者中检出，其中44.1%（15/34）患者的最早阳性样本处于超灵敏范围（<100 ppm）。TN亚型患者ctDNA水平高于HER2阳性和ER阳性/HER2阴性亚型。在ctDNA检测与生存结局关联方面，任何随访样本ctDNA阳性的患者RFI显著缩短（HR 29.2，95% CI 6.9-124.0，P < 0.0001）。多变量分析中，调整临床分期、分子亚型、残余肿瘤负荷（residual cancer burden, RCB）分级和年龄后，ctDNA状态仍是临床复发最显著的独立预后因素（HR 69.7，95% CI 13.3-365.1，P < 0.0001）。术后首次血浆样本ctDNA阳性患者的RFI亦显著缩短（HR 5.3，95% CI 1.1-5.7，P = 0.02）；此类患者的OS在单变量和多变量分析中均显著缩短。术后血浆样本阴性患者的5年RFI为72.6%（95% CI 60.1%-81.6%）。在复发提前时间方面，全队列中位提前时间为13.9个月（范围0.3-60.6）。ER阳性/HER2阴性亚型最长（20.9个月），HER2阳性亚型次之（14.2个月），TN亚型最短（4.3个月）。纳入超灵敏范围检测使提前时间从11.0个月延长至13.9个月，7例仅在<100 ppm水平检出的复发得以识别，其中两例ER阳性/HER2阴性患者的提前时间分别延长30.2和37.0个月。在ctDNA灵敏度与特异度方面，27例复发患者中25例ctDNA检出（灵敏度92.6%），远处转移特异性为96%。2例未检出ctDNA的复发分别为局部复发和脑转移。56例未复发患者中47例ctDNA阴性（特异度83.9%）；9例ctDNA阳性但未复发者中，6例首次术后样本阳性后辅助治疗后转阴，随访58.5-60.7个月仍无复发；3例为多次阳性或末次阳性，均为ER阳性/HER2阴性，末次阳性至末次临床访视的间隔短于该亚型中位提前时间。
在讨论部分，研究人员指出ALIENOR研究的四项核心发现。第一，任何随访样本中ctDNA检出是后续临床复发和生存的强预后因素，与ChemoNEAR和TRACER研究一致。在多变量分析中，ctDNA的预后价值远超RCB等传统因素，尽管RCB II级患者预后较RCB III级更差的发现需待大样本长期随访研究进一步验证。第二，首次ctDNA检测时约44%患者处于<100 ppm的超低水平，强调高灵敏度检测对MRD监测的必要性。第三，全队列13.9个月的中位提前时间与ChemoNEAR（15.6个月）和TRACER（13.7个月）研究相当，但TN亚型仅4.3个月的短提前时间可能影响未来该亚型MRD干预性试验的设计。第四，术后首次检测阴性仍伴随25%的5年复发风险，提示单一时间点阴性结果不足以指导治疗降阶梯，持续监测具有重要价值。研究局限性包括随访时间相对较短影响特异度准确评估、事件数较少导致统计分析稳定性不足、各亚型样本量较小、从组织接收到首次结果需2-3周的技术时限问题，以及31%的患者因组织或血液样本问题未能获得ctDNA结果等。
研究结论部分指出，这项多中心研究结果支持在高复发风险患者随访期间使用超灵敏ctDNA检测的临床有效性；首次检出时ctDNA的低水平凸显了高灵敏度检测对MRD检测的重要性；应开展研究评估第二代ctDNA检测技术的临床实用性。
