来自菲律宾马尼拉Estero De Paco的Leptospira yasudae Ss3a1f菌株的基因组序列草图

《Microbiology Resource Announcements》：Draft genome sequence of Leptospira yasudae strain Ss3a1f from Estero De Paco, Manila, Philippines

　　

摘要

Leptospira yasudae 是 Leptospira 属中的致病菌种之一。本文报道了从菲律宾马尼拉 Estero de Paco 地区采集的环境土壤样本中分离出的 L. yasudae ss3a1f 菌株的基因组草图序列。

公告

Leptospira 是钩端螺旋体的致病菌，这种被忽视的热带疾病在菲律宾非常普遍（1–4）。该属包含超过 20 种高致病性的菌种，可导致人类和动物严重感染（5–8）。其中之一就是 Leptospira yasudae，它不仅经常从宿主体内分离出来，也被发现在环境中自由生存，对人类和动物都存在感染风险（8–13）。 2024 年 3 月 13 日，在雨季结束时，从 Estero de Paco（北纬 14.57985°，东经 120.9934°）采集了 20 克土壤样本。将样本与磷酸盐缓冲盐水混合并摇匀，使其成为均匀的悬浮液。静置 1 小时后，小心收集上清液，同时不扰动沉淀的颗粒。上清液在黑暗中于 30°C 下孵育 2 周，然后接种到完整的 Ellinghausen–McCullough–Johnson–Harris (EMJH) 培养基中，该培养基包含基础 EMJH 培养基、10% 的 EMJH 增富液、1% 的兔血清和 0.01 mg/mL 的丙酮酸钠。每天使用相位对比显微镜（Zeiss Axiolab 5）观察培养物，以检测具有螺旋特征、两端有钩的螺旋形细菌，直径约为 0.1 微米，长度为 6–20 微米。确认存在螺旋体后，将培养物转移到半固体（0.4% 琼脂）EMJH 培养基中。随后从培养物中挑选出菌落并在完整的 EMJH 培养基中进一步培养。一个两周大的疑似 Leptospira 菌株培养物显示出明显的 Dinger 环形成，按照制造商的说明使用 Monarch Spin DNA Gel Extraction Kit（NEB，美国）进行 DNA 提取。

使用 Illumina TruSeq Nano DNA Library Prep Kit（Illumina，美国）制备测序文库，目标插入片段大小为 350 bp，并在 NovaSeq X 平台上进行测序，读取长度为 150 bp 的双端读段（Illumina，美国）。使用 Trimmomatic v0.36 和 Q40 阈值去除测序适配器和低质量读段（14），并使用 FastQC v0.12.1 评估读段质量（15）。初步质量控制后，共有 42,202,867 个高质量的单个读段通过设定阈值。使用 CoverM.v0.7.0 评估高质量读段的覆盖度（16）。这些高质量读段使用 SPAdes v3.15.3（1718）进行 de novo 组装。使用 QUAST v5.3.0（19）和 CheckM2 v1.1.0（20）对组装结果进行评估，随后使用 Proksee（Build 2026-02-25）（21）结合 Bakta v1.8.2（22）和 FastANI v1.2.0（23

该数据集的覆盖深度超过 250 倍。De novo 组装的基因组大小为 4,503,556 bp，分布在 37 个 contig 中，N50 为 384,449 bp，L50 为 3，L90 为 14。CheckM2 分析显示基因组草图的完整性为 99.92%。基因组的整体 GC 含量为 45.39%，包含 4,113 个编码序列、38 个转运 RNA、4 个核糖体 RNA、1 个转运信使 RNA 和 1 个 oriC。平均核苷酸同一性分析显示与 L. yasudae F1（GCF_003545925.1）的相似度为 98.96%，与 L. yasudae L1S1（GCF_004770135.1）的相似度为 99.02%，这两种菌株分别从马约特的水样和巴西萨尔瓦多的土壤样中分离出来（912）。

这个基因组草图的获得为了解致病性 Leptospira 在环境中的持久性提供了宝贵的见解，在基因组监测有限的国家（如菲律宾），这仍然是一个重要但尚未充分研究的公共卫生问题。

致谢

我们感谢菲律宾科学技术部（项目编号 9258）对这项项目的支持。