摘要
背景
基因组监测对于追踪SARS-CoV-2的进化、变异体更替以及传播动态至关重要。在塞内加尔，达喀尔巴斯德研究所建立了该国规模最大的SARS-CoV-2基因组纵向数据集之一，为从第一波疫情到奥密克戎之后的病毒传播提供了独特的视角。
研究目的
本研究旨在重建2020年3月至2024年9月间塞内加尔境内的SARS-CoV-2进化与传播情况，分析各种变异体及奥密克戎亚型的动态变化，推断病毒的引入途径和区域间传播模式，并描述该国的突变特征。
材料与方法
研究人员分析了由达喀尔巴斯德研究所生成的4820个SARS-CoV-2基因组。通过谱系划分、时间与地域分布分析、时间尺度系统发育分析、离散系统地理学重建以及突变特征分析等方法，来评估变异体的更替情况、病毒的国际输入源、国内传播路径以及基因组多样性。
研究结果
2020年时，A/B谱系占主导地位，随后在2021年初被Alpha和Beta谱系取代，2021年中又出现Delta谱系，这一时期也是病例数最高的阶段。从2021年底开始，奥密克戎成为主流，BA.1/BA.2、BA.4/BA.5、BQ.1.1、XBB和BA.2.86等亚型快速更替，而后几波疫情的规模则较小。达喀尔提供了64.7%的基因组数据，是病毒引入和区域间传播的主要中心，而卡奥拉克和迪乌贝尔则是次要中心。主要的奥密克戎亚型源于多次输入，这些输入主要来自非洲和欧洲，其中BA.1/BA.2的来源地比后续亚型更为广泛。突变特征分析显示，刺突蛋白区域的变异尤为突出，ORF1a/ORF1b以及核衣壳蛋白也存在频繁的变异。
讨论
研究结果表明，变异体不断更替，病毒的输入途径也在发生变化，且病毒的国内传播呈现以达喀尔为中心的辐射状模式。后期疫情规模有所下降，可能反映出人群的混合免疫水平正在提高，不过这一结论仍会受到不同地区测序强度差异的影响。
结论
本研究为了解塞内加尔境内SARS-CoV-2的进化情况提供了全面的全国性视角，同时也强调了开展分散式测序、完善元数据收集，以及在公共卫生决策中常规运用基因组数据的重要性。
利益冲突声明
作者声明不存在任何利益冲突。
数据可用性声明
本研究中分析的所有基因组序列均来自GISAID EpiCoV数据库。相关序列的登录号及提供数据的实验室信息详见补充材料。这些数据可依据GISAID的使用条款在https://www.gisaid.org上获取。
同行评审情况
为保证透明度，与本文相关的同行评审文件可在https://doi.org/10.1111/irv.70273上查看。
| 第二轮评审 | |
| 编辑决策信 | 2026/05/29 |
| 第一位审稿人的建议 | 2026/05/28 |
| 第一轮评审 | |
| 编辑决策信 | 2026/05/05 |
| 第一位审稿人的评审报告 | 2026/05/03 |
