通过对印度地区Maruca vitrata（鳞翅目：卷叶蛾科）种群的高通量基因组组装与核型分析，为揭示其结构与功能基因组特征奠定了基础

《BMC Genomic Data》：Hi-C guided genome assembly and karyotype analysis of the Indian population of Maruca vitrata (Lepidoptera: Crambidae) set the stage for structural and functional genomic insights

　　

摘要

研究目的

斑豆荚螟，学名为Maruca vitrata（鳞翅目：卷叶蛾科），是一种危害多种具有经济价值的谷物及蔬菜豆类作物的全球性害虫。虽然该物种被认为起源于印马地区，但印度境内的种群存在遗传差异，这些差异可能代表着不同的隐种或与寄主相关的亚种。目前，由于缺乏详细的基因组数据，人们对于M. vitrata的进化关系及其功能差异了解有限。因此，将核型数据与高分辨率基因组信息相结合，对于阐明印度境内M. vitrata种群的遗传结构及进化动态、进而制定有效的害虫防治策略至关重要。

数据描述

通过PacBio HiFi测序和近端连接技术（Hi-C），我们得到了改进版的M. vitrata基因组组装结果。该459.3 Mb的基因组被组装为45个支架，其中支架N50值为15.6 Mb。31个假染色体（大小介于9.48至20.42 Mb之间）占据了458 Mb，占整个基因组组装量的99.73%。该基因组的重复序列占比为36.67%，共有21,586个蛋白质编码基因。利用BUSCO工具结合昆虫纲数据库(Insecta_odb10)进行的基因组完整性分析显示，有99.5%的完整BUSCO基因被检测到。核型分析表明该物种含有31条染色体（1n）。这类基因组级数据有助于未来确定用于制定害虫防治策略的目标基因。这31个假染色体与核型分析所发现的31条染色体相对应，从而证明了该基因组组装在染色体层面的完整性和结构准确性。