《Antimicrobial Agents and Chemotherapy》：Sustained high prevalence of multiple antimalarial drug resistance markers in Uganda in 2023–2024
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药物耐药性的出现和传播威胁乌干达的疟疾控制。本研究报告了2023年和2024年乌干达32个疟疾参考中心与抗疟药物敏感性相关的关键多态性的新数据。研究人员从年龄>6个月、出现无并发症恶性疟（falciparum malaria）的患者中收集了10,030份样本，
药物耐药性的出现和传播威胁乌干达的疟疾控制。本研究报告了2023年和2024年乌干达32个疟疾参考中心与抗疟药物敏感性相关的关键多态性的新数据。研究人员从年龄>6个月、出现无并发症恶性疟（falciparum malaria）的患者中收集了10,030份样本，使用MAD4HatTeR panel和Illumina平台进行测序；其中8,518份样本通过质量控制并进行了分析。在多个时间点的至少一个或多个位点检测到与青蒿素部分耐药（artemisinin partial resistance, ART-R）相关的多种验证或候选K13突变，其流行率≥20%。K13突变A675V和C469Y在乌干达北部占主导地位，P441L在乌干达西部最常见，而R561H和C469F局限于乌干达西南部。在经过早年的快速增加后，多数位点的K13突变流行率趋于稳定，A675V、C469Y和P441L分别达到40%、58%和46%的位点最高流行率。氯喹耐药标记CRT K76T的流行率总体较低，但在乌干达西北部的三个位点显著增加，在最后一个时间点上升至38%，而非洲新报告的CRT H97L也呈现类似趋势。抗叶酸耐药五重突变单倍型在全国范围内仍高度流行。此外，DHPS A581G和DHFR I164L（高水平抗叶酸耐药标记）在乌干达西南部最常见，流行率分别高达64%和76%；DHFR I164L还扩展到中部和东部地区。这些结果突显了持续的地理异质性，并强调需要持续的全国性分子监测来指导治疗和化学预防政策。
**研究背景与问题**
疟疾仍是非洲的重大公共卫生负担，乌干达约占全球疟疾病例的5%，2024年估计有1320万例。抗疟药物（尤其是以青蒿素为基础的联合疗法（artemisinin-based combination therapies, ACTs））是疟疾控制的关键工具，但已建立和新兴的耐药性威胁着现有药物的效用。青蒿素部分耐药（ART-R）最早出现在东南亚，表现为青蒿素治疗后寄生虫清除延迟，与Kelch-13蛋白（K13）螺旋桨结构域的多种突变相关。在乌干达，多种验证或候选ART-R标记（包括P441L、C469Y/F、R561H和A675V）已出现并在不同地区流行。同时，对氯喹和阿莫地喹的耐药标记（MDR1和CRT突变）的流行率在ACT引入后下降，但近期研究提示对苯芴醇和青蒿琥酯的敏感性降低。此外，磺胺多辛-乙胺嘧啶（SP）是疟疾化学预防的主要药物，其耐药性由二氢叶酸还原酶（DHFR）和二氢蝶酸合酶（DHPS）的突变介导，五重突变单倍型在东非（包括乌干达）高度流行，而更高水平的耐药标记（如DHFR I164L和DHPS A581G）在西南乌干达出现并扩展。2022-2023年的一项治疗疗效研究显示，苯芴醇-苯芴醇（AL）在乌干达西北部和东南部的基因型校正疗效低于90%，提示ACT疗效可能下降。因此，需持续开展全国性分子监测以评估耐药标记的动态变化。
**研究内容与结论**
研究人员于2023-2024年从乌干达32个疟疾参考中心收集了17,673份样本，对其中10,030份进行测序（8,518份通过质量控制），分析了与ART-R、ACT伙伴药物耐药及抗叶酸耐药相关的关键标记。结论显示：多种K13突变在多数位点流行率≥20%，但近年趋于稳定，未如模型预测般走向固定；氯喹耐药标记CRT K76T在西北部重现，并伴随非洲新报告的CRT H97L突变；抗叶酸耐药标记DHFR I164L和DHPS A581G在西南部高度流行，且I164L向中部和东部扩展。这些结果强调了持续的地理异质性，亟需全国性分子监测以指导治疗和化学预防政策。该论文发表在《Antimicrobial Agents and Chemotherapy》。
**主要关键技术方法**
- 样本采集：2023-2024年从乌干达32个疟疾参考中心（覆盖不同传播强度地区）的症状性患者中便利采样，收集干血斑（DBS）。
- DNA提取与定量：使用Chelex-100/Tween-20提取DNA，通过varATS qPCR定量寄生虫密度。
- 靶向测序：采用MAD4HatTeR panel（针对165个高度多样微单倍型和118个药物/诊断耐药标记）在Illumina MiSeq/NextSeq平台测序。
- 历史数据整合：纳入2016-2022年来自相同或邻近位点的分子反转探针（MIP）捕获数据，用于纵向比较。
- 突变分析：使用plasmodiumdrugres管道进行等位基因调用与频率估计，包括单倍型定相；拷贝数变异通过广义加性模型分析mdr1和plasmepsin2/3基因。
**研究结果**
**ART-R标记**
多轮监测发现，多个验证/候选K13突变在一个或多个位点流行率≥20%。C469Y和A675V在乌干达北部高流行，P441L在西部高流行，C469F和R561H局限在西南部。通过比较2016-2024年12个位点的数据，多数突变早期流行率快速增加，但近年来在多数位点（特别是北部高传播区）趋于稳定，C469Y和A675V分别达58%和40%的位点最高流行率。
**潜在ACT伙伴药物耐药标记**
CRT K76T流行率总体较低，但在西北部West Nile地区（Ayipe、Metu、Opia）2023-2024年显著上升，区域平均流行率从Round 1的37%升至Round 4的42%。同时，非洲新报告的CRT H97L突变在West Nile地区达到相似流行率，且99%的H97L样本同时携带K76T，提示遗传连锁。MDR1 N86Y罕见，而MDR1 Y184F常见（中位流行率75%）。mdr1和pm2/3拷贝数扩增罕见（分别为0.2%和0.05%）。
**抗叶酸耐药标记**
五重突变单倍型（DHFR N51I、C59R、S108N和DHPS A437G、K540E）全国高流行。高水平耐药标记DHFR I164L和DHPS A581G在西南部最流行（分别高达76%和64%），且I164L向中部和东部扩展。单倍型分析显示，五重单倍型最普遍（最高97%），五重+I164L单倍型在南部流行（最高55%），五重+A581G和七重单倍型（含I164L和A581G）在西南部流行（分别最高54%和37%）。
**讨论与结论**
讨论部分指出：ART-R标记流行率在多数位点趋于稳定，可能反映了耐药性与适应性代价之间的平衡，但地理异质性显著，可能与邻国治疗政策及自用药习惯有关。西北部CRT K76T和H97L的再出现可能由南苏丹和刚果民主共和国使用阿莫地喹为基础的方案驱动，而H97L在非洲的报告尚属首次。抗叶酸耐药方面，SP化学预防的疗效因高水平耐药标记的扩展而受到严重质疑，特别是Karamoja地区近期实施的SMC（SP+阿莫地喹）可能主要依赖阿莫地喹而非SP，而I164L和A581G在其他地区的更高流行率进一步削弱了SP的预防价值。研究结论翻译如下：这些数据揭示了乌干达恶性疟原虫（P. falciparum）多种耐药标记随时间变化的动态趋势，包括：（i）多种K13突变流行率增加后在多数位点趋于稳定；（ii）西北部CRT K76T突变重现并伴随新检测到的H97L突变，提示该地区氯喹和阿莫地喹耐药性复发；（iii）SP高水平耐药标记流行率高且持续上升，与药物耐药增强一致。这些数据表明需持续开展抗疟药物耐药性监测（包括分子监测、体外药敏试验和临床试验），并迫切考虑调整治疗和化学预防政策，包括使用多种一线方案、轮换方案、三联ACT及即将获批的新药。
