冈比亚和中国四种不叮咬的伴生蝇类细菌组成多样性及丰度的比较研究

《BMC Veterinary Research》：Comparative study on the diversity and abundance of bacterial composition in four non-biting synanthropic flies from The Gambia and China

　　

摘要

背景

双翅目中不具叮咬性的家栖蝇长期以来被认为是一些人类和动物病原体的机械传播媒介，但不同地区这类蝇类的微生物组差异仍不甚清楚。本研究比较了来自两个国家（冈比亚和中国）的四种不具叮咬性的家栖蝇（Chrysomya megacephala、Lucilia cuprina、Musca domestica以及Physiphora clausa）肠道微生物的丰度，以此了解它们可能携带的致病细菌种类。研究在冈比亚的卡尼芬市议会和中国的长沙市进行，采样时间为2023年8月至11月。研究使用Illumina NovaSeq6000序列分析技术，扩增这些蝇类中肠的16S rDNA V3-V4区域，然后将样本（每组20只）混合为21个样本组，包括Chrysomya megacephala、Lucilia cuprina、来自两座城市的Musca domestica，以及来自卡尼芬市的Physiphora clausa。通过α多样性和β多样性指数来比较这些蝇类中肠内的细菌组成。所有的生物信息学分析和统计分析都是通过BMKCloud在线平台完成的（http://www.biocloud.net）。

结果

经过分类后，这些微生物属于2个界、44个门和2,379个物种。在所有样本中，变形菌门（41.14%）和厚壁菌门（39.51%）占主导地位。研究发现了明显的地理差异：Shannon α多样性分析显示两国之间的差异显著（P＝0.023），而基于Bray-Curtis方法的PERMANOVA分析也证实了两国细菌组成的差异（R2=0.201，P＝0.001）。冈比亚的蝇类体内含有更多Wohlfahrtiimonas chitiniclastica（13.79%），而长沙的样本中则含有更高比例的Pseudomonas（3.99%）。据我们所知，这是首次对P. clausa的肠道微生物组进行描述，其肠道内以Corynebacterium为主（15.82%）。这些地理和物种特异性的差异表明，这类蝇类可能是当地特定病原体的储存宿主。

结论

本研究揭示了不具叮咬性的家栖蝇肠道微生物组的地理变异性，这类蝇类可能是当地特定细菌的携带者，因此有必要进一步研究这两个地区中由蝇类传播的病原体情况。同时，据我们所知，这也是首次对P. clausa的肠道微生物组进行描述。