HIV-1感染中宿主控制的遗传学与转录组特征

《Retrovirology》：Genetic and transcriptomic signatures of host control in HIV-1 infection

　　

摘要

背景

HIV-1与宿主免疫系统的相互作用对感染的自然控制及进展起着关键作用。先前的研究已确定APOBEC3G、Tetherin、SAMHD1和SERINC5为HIV-1的宿主限制因子，而这些因子分别会被病毒蛋白Vif、Vpu和Nef所抵消。其中一些宿主蛋白在血液中的表达水平与HIV载量存在关联，这表明个体间在HIV感染自然控制方面的差异可能有助于发现新的HIV限制因子。我们的研究纳入了瑞士HIV队列研究中的150名参与者，这些参与者提供了全基因组基因分型数据、抗逆转录病毒治疗前的外周血单核细胞样本以及HIV载量检测结果。

结果

通过BrB-seq技术，我们量化了所有蛋白质编码基因的mRNA表达情况，发现792个基因与HIV载量之间存在显著关联。通路分析显示，较高的病毒载量与先天免疫反应、蛋白酶体复合体、线粒体及细胞周期相关功能的激活有关，同时与核糖体转录本以及参与细胞因子-细胞因子受体相互作用的基因（包括IL4R、IL7R和）的活性降低有关。孟德尔随机化分析证实了TRABD2A具有病毒限制活性，并进一步发现了潜在的新限制因子候选基因。

结论

这些研究结果为理解宿主与病毒之间的相互作用提供了新视角，同时提示TNFSF10、TTC3和GRAP等基因也可能参与HIV-1感染的自然控制过程。