解析印度庞瓦拉部落群体肠道微生物组的功能特征与耐药基因组谱

《BMC Microbiology》：Decoding the functional landscape and resistome profile of the gut microbiome in the Pangwala tribal community of India

　　

摘要

背景

人类肠道微生物组是由多种共生微生物构成的复杂且多样的群体，近几十年来一直备受研究关注。尽管近期有一些研究致力于确定该生态系统中的细菌组成，但关于真菌群、病毒组及其功能特性的了解仍然十分有限。本研究的目的是通过全基因组鸟枪法测序与生物信息学分析相结合的方式，探究印度潘瓦拉部落群体肠道微生物组的功能特征及耐药基因特征。

结果

研究结果显示，两组人群的肠道中都存在着极为丰富的微生物多样性，其中占主导地位的属如Prevotella、Bifidobacterium和Succinivibrionaceae的多样性水平相似。真菌群以双核亚界为主（占比74%），而“分类位置未定真菌”则占两组中所有真菌物种的23%。病毒组分析显示尾病毒目占据主导地位，其中噬菌体最为常见。此外，功能分析还明确了主要的代谢途径以及参与这些途径的关键基因家族，其中Prevotella copri是最重要的贡献者。研究还发现了耐药基因组，结果显示两组中均存在超过100个潜在的抗生素耐药基因，且对万古霉素的耐药性都很高。

结论

本研究全面介绍了潘吉族群体的肠道微生物组，详细分析了其分类结构与功能特征。结果表明，尽管肠道微生物组的多样性很高，但似乎存在明显的功能冗余现象，这说明存在一个稳定的核心微生物组。耐药基因组分析为了解耐药基因组提供了完整的参考信息，也为后续研究奠定了重要基础。此外，我们预计这些发现将为从“同一健康”视角理解抗菌药物耐药性问题提供有价值的见解。