《Indian Journal of Pediatrics》：Position Statement of the Indian Academy of Medical Genetics on Next Generation Sequencing-Based Testing for Rare Genetic Disorders
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基于下一代测序（NGS）的检测正日益被临床医生用于为疑似遗传性疾病的个体及家系获得遗传学诊断。然而，在将此类检测用于罕见遗传病家系的照护与管理时，不同临床医生之间在基因组学知识与技能方面存在显著差异。印度医学遗传学学会（SIAMG）希望通过本文件，就现有检测类
基于下一代测序（NGS）的检测正日益被临床医生用于为疑似遗传性疾病的个体及家系获得遗传学诊断。然而，在将此类检测用于罕见遗传病家系的照护与管理时，不同临床医生之间在基因组学知识与技能方面存在显著差异。印度医学遗传学学会（SIAMG）希望通过本文件，就现有检测类型、其恰当应用及结果解读提供指导与考量，以实现这些检测在罕见疾病诊断中的审慎使用。基于下一代测序（NGS）的检测正日益被临床医生用于为疑似遗传性疾病的个体及家系获得遗传学诊断。然而，在将此类检测用于罕见遗传病家系的照护与管理时，不同临床医生之间在基因组学知识与技能方面存在显著差异。印度医学遗传学学会（SIAMG）希望通过本文件，就现有检测类型、其恰当应用及结果解读提供指导与考量，以实现这些检测在罕见疾病诊断中的审慎使用。
这篇发表于《Indian Journal of Pediatrics》的立场声明，围绕基于下一代测序（next-generation sequencing，NGS）的罕见遗传病检测应用展开系统梳理，核心目的在于为临床医生提供一个结构化、循证且可操作的实践框架，以促进罕见遗传病分子诊断的规范化与合理化。研究背景在于，NGS技术已显著改变全球基因组诊断格局，尤其在遗传病负担较重的印度，临床对精准分子诊断的需求日益增加。明确的分子诊断不仅关系到遗传咨询、预后判断、随访监测与临床管理，也直接影响家系生育选择。然而，尽管检测可及性不断提高，不同临床医生在遗传学基础、检测选择、结果解读以及遗传咨询能力上仍存在明显差异，导致检测资源可能被低效使用，甚至影响患者及家系获益。因此，研究人员提出这一立场声明，旨在系统总结不同NGS检测方式的适用场景、优势、局限、结果判读原则以及实施过程中的关键挑战，从而指导罕见遗传病临床实践。
从方法上看，本文并非原始实验研究，而是基于现有证据与临床实践现状形成的专家共识性立场文件。研究人员综合梳理了当前临床应用的几类主要NGS技术，包括靶向基因Panel、外显子组测序（ES）和全基因组测序（GS），并结合既有指南、变异分类框架及临床应用经验，对检测适应证、产前应用、变异分析与报告、技术局限及转诊流程进行了系统归纳。文中还引用美国医学遗传学与基因组学学会/分子病理学协会（ACMG/AMP）变异分类标准，以及ACMG关于次要发现（secondary findings，SF）的报告框架，构建临床可执行的解释体系。
在“Background and Rationale”部分，研究人员首先指出，NGS是一种高通量DNA测序技术，可通过对数百万小片段DNA进行大规模平行测序，实现高准确度和快速变异检测，并大幅缩短检测时间。依据覆盖范围不同，NGS检测可分为Panel检测、ES和GS。文章强调，在印度背景下，遗传病对儿童及成人发病率和死亡率均有重要影响，因此精确分子诊断具有重要临床价值。该部分得出的核心结论是：NGS为遗传病诊断提供了高效工具，但其合理应用依赖于临床医生具备基本的遗传学认知，并需要规范化指导框架支持。
在“Types of NGS-Based Tests and Their Applications”部分，文章分别阐述了三类主要检测策略。关于“Targeted Gene Panels”，研究人员指出，此类检测针对与特定表型相关的一组精选基因，如非综合征性耳聋、心肌病或骨骼发育不良。其优势在于测序深度高、可兼顾拷贝数变异（CNV）检测、成本较低，适用于表型明确、临床识别度高的疾病。结论是，对于遗传基础较明确、致病变异大概率局限于已知基因范围内的疾病，精心设计的Panel仍具重要价值，尤其是在遗传异质性高而广泛检测可能产生大量难以解释变异的场景中。
关于“Exome Sequencing”，研究人员指出，ES覆盖约20,000个基因的外显子及其边界区域。由于约85%的致病变异位于外显子区域，ES在孟德尔遗传病诊断中具有较高效率和成本效益。文章总结，ES目前已成为产前或出生后罕见孟德尔遗传病诊断中最有效且最具成本效益的手段之一，其经验性诊断率约为30%–40%，而三联体ES较先证者单独ES可额外提高约5%–15%的诊断率。同时，ES不能有效识别多数非编码区变异、重复扩增及部分结构变异，但近年来对CNV的识别能力已有提升。由此得出的结论是，ES在当前资源受限环境下已成为许多单核苷酸变异（SNV）和插入缺失（indel）相关疾病的一线检测策略。
在“Genome Sequencing”部分，研究人员指出，GS可覆盖超过90%的基因组，较ES具有更均一、更全面的检测能力，在单核苷酸变异、内含子变异、CNV、结构重排和重复扩增识别方面更具优势。部分研究显示，GS相较其他策略可额外提升约5%–10%的诊断率。然而，由于测序与存储成本较高、生物信息学分析工具仍在持续完善、结果分析解释复杂，GS在资源有限地区尚难成为常规一线检测。该部分结论是，GS代表更全面的未来发展方向，但其广泛临床落地仍受成本与分析能力制约。
在“Indications for NGS-Based Testing”部分，文章总结了NGS检测的适应证。研究人员指出，当临床上高度怀疑遗传性疾病，且该疾病主要由序列变异引起；或疾病具有明显遗传异质性；或目标区域过大而不适于Sanger测序时，应考虑NGS检测。若疾病遗传基础已较明确，可优先选择基因Panel；对于由SNV和indel导致的疾病，ES已被广泛作为一线检测；对于临床未确诊但高度怀疑遗传病因的病例，可采用ES或GS。结论是，检测选择应基于临床诊断线索与潜在遗传机制共同决定，而非机械套用单一技术路径。
在“Special Considerations for NGS-Based Testing for Prenatal Diagnosis”部分，研究人员聚焦产前场景。文章指出，胎儿结构异常提示可能存在单基因病因时，需引入分子层面的遗传学检测。传统胎儿核型分析已逐渐被染色体微阵列取代，而当胎儿异常提示单基因病可能时，ES成为最常用的NGS检测方式。不同研究中，产前ES的诊断率为2%–53%，且推荐采用三联体ES。研究人员强调，产前检测必须以充分的检测前遗传咨询为前提，内容应包括检测指征、效用、局限性以及不确定结果和次要发现的可能性。该部分结论是，产前ES适用于特定胎儿异常所提示的单基因病情境，但需由具备临床/医学遗传学专长的团队参与决策与解释。
在“Analysis, Interpretation and Reporting of Genomic Variants”部分，文章详细总结了变异解释框架。研究人员指出，ES可检出约20,000至500,000个变异，GS可检出约2×10
6至5×10
6个变异，其中绝大多数为良性多态。临床关键在于借助生物信息学工具、表型匹配、数据库证据、预测软件结果及家系共分离信息，对致病变异进行筛选。文章强调应依据ACMG/AMP标准，将变异分为致病（pathogenic）、可能致病（likely pathogenic）、意义未明（variant of uncertain significance，VUS）、可能良性（likely benign）和良性（benign）。其中，VUS不应直接用于临床决策，应在6个月至1年间隔内进行复核，必要时结合功能研究进一步澄清。该部分还介绍了次要发现（SF）的概念，即在ACMG推荐基因中主动寻找与可干预疾病相关的致病或可能致病变异。结论是，NGS结果解释必须建立在标准化分类体系、多学科协作和严格遗传咨询基础之上。
在“Challenges and Limitations of NGS-Based Tests”部分，研究人员归纳了当前NGS应用中的主要障碍。首先，技术层面仍存在覆盖不充分、复杂基因组区域易出错、低比例嵌合体不易检出等问题。其次，大规模数据处理依赖复杂算法、专业人员与成熟流程，而印度当前在实验室标准化实施、训练有素的人力资源以及本土人群特异性变异数据库方面仍有限。再次，重复扩增、印记异常、复杂结构变异等特殊变异类型往往超出常规NGS检测能力范围。文章指出，长读长测序等新技术有望改善这类问题。该部分结论是，临床使用NGS时必须清楚认识其技术边界、解释难点及基础设施要求，避免过度依赖单一检测结果。
在“Referral to Genetic Services”部分，文章强调遗传专科转诊的重要性。研究人员指出，任何疑似遗传病的个体或家系，在接受NGS检测前均应完成详尽病史采集、体格检查及必要辅助检查。由于遗传病多为罕见病且诊断复杂，及时转诊至受过训练的医学遗传学专家十分必要。检测开具、方案选择、表型精细化评估、结果解释及检测前后咨询，均应尽可能由遗传学家或合格遗传咨询师参与。该部分结论是，多学科协作及早期遗传转诊可提升诊断率、减少不必要检查并优化以患者为中心的照护。
综合全文讨论，研究人员的核心观点在于，NGS显著拓展了遗传病检测能力，使靶向Panel、ES与GS能够分别匹配不同临床问题，但技术进步并不自动等同于临床获益，真正决定检测价值的是适当的检测选择、规范的结果解释、对VUS和SF的谨慎处理，以及完善的检测前后遗传咨询。文章同时指出，将NGS更早纳入诊断流程，结合长期“诊断漂流”和经验性治疗成本考量，整体上可能更具成本效益。然而，当前仍面临医生基因组素养不足、实验室能力参差不齐、专业人才短缺以及复杂结果处理困难等现实挑战。因此，这份立场声明的重要意义在于，它并非仅推荐技术本身，而是推动建立一种更负责任、更具临床整合性的罕见遗传病诊断实践模式。
研究结论部分可译为：下一代测序显著拓宽了遗传学检测的范围，提供了包括靶向基因Panel、外显子组测序和全基因组测序在内的多种策略，分别适用于不同的临床和研究应用。与此同时，已有数据表明，若将NGS更早纳入诊断流程，综合考虑患者长期诊断历程及接受的多种经验性治疗，其成本效益更高。过去10年间，这些检测的可及性已显著提高。然而，这些检测在应用中仍存在多方面挑战，包括临床医生的基因组学素养、具备能力的基因组实验室、受过训练的人力资源、结果解释，尤其是意义未明变异（VUS）和次要发现（SF）的处理，以及应对复杂检测前后遗传咨询问题所需的专业能力。本文旨在为在临床实践中应用这些检测以评估罕见遗传病的卫生专业人员提供指导，从而使其得到有效应用并改善患者结局。
