《Emerging Microbes & Infections》：Transmitted and pretreatment drug resistance among 69 HIV-1 CRFs in China: the first systematic analysis
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摘要：近年来，中国新发现的HIV-1流行重组型(circulating recombinant forms, CRFs)不断增多。本研究首次对中国截至2025年已鉴定的全部69种CRFs（包括13种一代、45种二代、10种三代及1种四代CRF）进行了分子流行病
摘要：近年来，中国新发现的HIV-1流行重组型(circulating recombinant forms, CRFs)不断增多。本研究首次对中国截至2025年已鉴定的全部69种CRFs（包括13种一代、45种二代、10种三代及1种四代CRF）进行了分子流行病学特征及耐药突变(drug resistance mutations, DRMs)谱的系统分析。部分CRFs表现出中等水平的传播性耐药(transmitted drug resistance, TDR；5％–15％)及升高的治疗前耐药(pretreatment drug resistance, PDR；10.8％–55.1％)。值得注意的是，V179D/E在多种CRFs中广泛存在，且与其它DRMs共存时可能参与降低对非核苷类逆转录酶抑制剂(non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors, NNRTIs)的敏感性。研究结果提供了中国HIV-1 CRFs中DRMs的关键监测数据及NNRTIs方案选择的基线资料，强调了对携带天然DRMs的新型CRFs进行表型验证的必要性。
论文解读：《Emerging Microbes & Infections》
一、研究背景与立项依据
全球HIV-1组M已划分为10个亚型(A–D、F–H、J–K)、158种CRF及大量独特重组型(unique recombinant forms, URFs)，在中国CRFs占HIV-1感染的88.9％，以CRF07_BC、CRF01_AE、CRF08_BC和CRF55_01B最为常见。近年中国传播性耐药(transmitted drug resistance, TDR)由2004–2007年的2.6％升至2020–2022年的7.8％，2023年达11.4％，且已在CRF65_cpx和CRF55_01B中发现天然耐药突变(drug resistance mutations, DRMs)。然而迄今尚无针对中国已发现CRFs及其DRMs特征开展系统性统计分析的研究。为此，研究人员整合数据库与文献资料，对中国未接受过抗逆转录病毒治疗(antiretroviral therapy, ART-na?ve)个体感染的CRFs序列进行系统进化复核与DRMs判读，旨在阐明CRFs时空分布、TDR与PDR(pretreatment drug resistance, 治疗前耐药)水平及关键DRMs谱，为临床NNRTI(non-nucleoside reverse transcriptase inhibitor, 非核苷类逆转录酶抑制剂)方案选择提供基线数据。
二、主要技术方法与样本来源
研究人员最终纳入在中国首次鉴定并命名的69种CRFs相关序列，数据截止2025年5月，来源包括Los Alamos HIV序列数据库(更新至2024年10月14日)、中国HIV基因序列数据平台及系统文献检索。研究对象为ART-na?ve个体感染CRFs的pol区序列。采用MEGA v7.0.14构建邻接树(neighbor-joining tree)核实CRF01_AE和CRF07_BC各亚亚型(sub-subtypes)；应用Stanford University HIV Drug Resistance Database分析DRMs；TDR依据WHO 2009年传播耐药监测突变列表判定；PDR计算只纳入导致至少低度耐药的DRMs或组合。
三、研究结果
CRFs的发现与代际分类
截至2025年中国共发现69种CRFs，2000年首报CRF07_BC和CRF08_BC，2013年新增CRF55_01B，随后逐步增多(2013–2015年9种、2016–2020年20种、2021–2025年38种)。含CRF01_AE组分的CRFs最多(n＝44)，其次为含CRF07_BC(n＝32)、B亚型(n＝31)、C亚型(n＝22)、CRF55_01B(n＝9)及CRF08_BC(n＝4)者。13种为一、45种为二、10种为三及1种(CRF150_07149)为四代CRF。一代CRF均源自泰国B(B.TH)与印度C，主要发现于注射吸毒人群(people who inject drugs, PWID)和异性恋(heterosexuals, HET)；二代多为CRF01_AE(n＝42)、CRF07_BC(n＝26)或B(n＝16)重组；三代多源自CRF55_01B(n＝9)或CRF07_BC(n＝6)；唯一四代CRF150_07149为07_N与CRF149_01B重组。主要组分07_N(n＝26)、01_C5(n＝17)、01_C4(n＝12)及CRF55_01B(n＝9)多见于男男性行为者(men who have sex with men, MSM)，故含这些组分的CRFs占MSM中发现CRFs的90％(36/40)。
CRFs的地域分布特征
云南(n＝28)和广东(n＝12)是CRFs首发发现"热点"。云南早期(2020年前，n＝13)以一、二代CRF为主，源自B(92.3％)和C(92.3％)，主要在HET(76.9％)和PWID(69.2％)；2020年后(n＝15)涉及多代CRF，骨架以CRF01_AE(53.3％，其中01_C4占26.7％)和CRF07_BC(53.3％，其中07_N占40.0％)为主，见于HET(66.7％)和MSM(33.3％)。广东多数CRFs(91.7％)发现于2020年后，含二代(n＝7，主要基于CRF07_BC 85.7％且07_N占71.4％、CRF01_AE 85.7％且01_C5占57.1％)和三代(n＝5，主要基于CRF55_01B 100％、CRF07_BC 80％且07_N占40％)，主要见于MSM(83％)和HET(75％)。三代CRF中50％发现于广东以外地区，提示CRF55_01B已广泛播散并发生本地再重组。
TDR与PDR水平
序列数>50的CRFs中，CRF149_01B(13.2％，19/144)、CRF126_0755(10.2％，9/88)、CRF85_BC(6.7％，15/223)、CRF59_01B(6.0％，27/451)和CRF79_0107(5.7％，6/106)呈中等TDR(5％–15％)。PDR较高者包括CRF65_cpx(55.1％，65/118)、CRF149_01B(27.1％，39/144)、CRF64_BC(24.4％，19/78)、CRF08_BC(14.2％，310/2179)、CRF126_0755(12.5％，11/88)和CRF55_01B(10.8％，262/2417)，归因于V179D/E等DRMs尤其与其他突变并存时可能赋予NNRTIs不同程度耐药。
V179D/E突变特征
在23个CRFs中共检出33种常见DRMs(>10条序列，28个位点)，最常见为V179E(10.4％，2771/26547)和V179D(2.9％，763/26547)。V179E为非多态性突变，受依非韦伦(efavirenz, EFV)弱选择压力关联，在CRF55_01B中达98.6％，CRF126_0755(95.5％)、CRF149_01B(99.3％)、CRF155_0755(73.7％)等亦高，反映其三代为CRF55_01B起源。V179D为多态性辅助突变，在未治人群中约1％出现并可被EFV选择，在中国新CRFs中高流行，如CRF65_cpx(89.8％)、CRF118_BC(60.3％)等。当V179D/E联合其他NNRTI DRMs(如CRF65_cpx中K103R＋V179D组合占52.5％；CRF55_01B和CRF149_01B中E138G＋V179E组合分别占5.6％和16.0％)可介导对NNRTIs低度降低的敏感性甚至中高度耐药。
四、讨论与结论总结
研究人员指出本研究局限包括仅基于pol区部分序列可能低估CRFs、少数CRFs序列不足致天然多态DRMs待大样本验证。综合结论为：本研究系统梳理截至2025年中国已发现HIV-1 CRFs的分子流行病学特征与DRMs谱，明确了关键监测DRMs(V179D/E等)并提供了PDR基线资料以指导ART方案选择；证实长期ART压力下产生的部分天然DRMs可在子代新型CRFs中被继承并进一步演化，需持续监测；未来应对携带多重多态突变(如V179D/E)的CRFs开展表型药敏试验以准确评估NNRTI敏感性，优化ART并改善疗效。该研究为国内外HIV耐药监测与ART策略制定提供了重要循证依据。
