GH功能注释策略：迈向标准化与预测性的酶分类学

《Biotechnology for Biofuels and Bioproducts》：Strategies for GH functional annotation: toward harmonized and predictive CAZymology

　　

摘要

背景

针对多糖和寡糖分解功能，对糖苷水解酶（GHs）进行功能注释及生化特性分析是一大挑战。本文回顾了从基于生化测定的传统“先检测活性”方法，到借助现代基因组学发展的现代“先分析序列”发现方法的转变过程。

结果

我们记录了169种糖苷酶活性、相应底物以及用于分析这些酶的技术。同时指出了不同糖苷酶家族带来的诸多难题，包括底物特异性重叠、检测条件不一致以及报告标准不统一等问题。为解决这些问题，我们为每个糖苷酶家族的糖苷酶活性整理了底物清单，作为初步框架，用于新发现的糖苷酶特性分析。

结论

采用标准化底物和实验方案、统一的报告规范，以及推动社区间的数据共享，可为实现糖苷水解酶功能注释的标准化和预测性酶学研究提供可行路径，同时也需正视当前数据标准化和报告多样性方面存在的局限。