摘要
对环境和古代环境DNA（eDNA和sedaDNA）进行宏条形码分析是一种用于研究和监测海洋生物群落的有效方法。然而，其有效性受到全面且经过精心整理的参考数据库的制约，尤其是针对原生生物的数据库。在此，我们介绍了pr2-wormifier，这是一种生物信息学工具，可用于为基于18S rRNA的宏条形码分析创建定制化且更完善的参考数据库。该工具将PR2和NCBI中的序列与世界海洋物种名录（WoRMS）及AlgaeBase中的分类信息相结合，从而实现属和种级别的精确分类。pr2-wormifier允许用户根据特定的分类群或地理区域来定制参考数据库，进而提高生物多样性评估的准确性和精细度。我们使用波罗的海的沉积物古代DNA数据集对该工具进行了测试，重点关注海洋原生生物，尤其是纤毛虫和甲藻。通过pr2-wormifier生成的定制数据库在保持分类一致性和质量的同时，能够在属和种级别识别出更多序列。我们的研究结果表明，pr2-wormifier解决了现有数据库存在的常见问题，如分类精度低以及部分分类群缺失的问题，有助于在宏条形码分析中实现更可靠的分类。通过支持创建具有地域针对性且经过分类学整理的数据库，pr2-wormifier为环境和古环境研究中的原生生物鉴定提供了灵活且可扩展的解决方案。
利益冲突声明
作者声明没有利益冲突。
数据可用性说明
该生物信息学工具可通过GitHub获取：https://github.com/jromahn/PR2-wormifier。为波罗的海创建的参考数据库则可通过FigShare在以下DOI地址获取：波罗的海原生生物参考数据库—10.6084/m9.figshare.30225976；用于TAREuk项目的波罗的海原生生物参考数据库子集—10.6084/m9.figshare.32253564；用于Euka02项目的波罗的海原生生物参考数据库子集—10.6084/m9.figshare.30225949。
