在受人类活动影响的环境中，噬菌体介导了病原体毒力基因型的扩增，提升了其在野生小鼠体内的生态适应性

《npj Biofilms and Microbiomes》：Phage-mediated expansion of the virulence gene types and enhanced ecological integration of pathogens in wild mice from human-impacted environments

　　

摘要

野生鼠类在传染病的传播中起着关键作用；然而，目前还缺乏用于评估毒力因子传播风险的定量指标。我们结合宏基因组学和网络分析方法，研究了受人类活动影响的环境以及森林环境中的野生鼠类微生物群落的生态关联性与功能基因特征。研究发现，受人类活动影响的环境中的病原体中心性显著高于森林环境（p?<?0.001）。随机森林模型表明，栖息地类型、噬菌体数量以及抗生素抗性基因的数量是影响毒力因子基因数量的关键因素（p?<?0.05）。结构方程模型显示，栖息地通过噬菌体的中介作用影响毒力因子基因（p?<?0.01），而抗生素抗性基因则直接作用于毒力因子基因（p?<?0.001）。尽管受人类活动影响的环境中的毒力因子基因数量显著更高（p?<?0.001），但两种环境中的这些基因的表达水平并无差异（p?=?0.2952），这说明毒力因子基因的多样性并不一定意味着更高的毒力表现。本研究强调了噬菌体的中介作用以及抗生素抗性基因在塑造与毒力相关的基因谱系方面的直接作用，进一步凸显了在传染病监测中采用“同一健康”视角、考虑人类活动对微生物群落影响的重要性。