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  • VEHoP:基于组装的同源比对系统发育基因组学新流程——突破数据限制,高效解析进化关系

    这篇综述介绍并验证了VEHoP(一款多功能、易用、基于同源性的系统发育基因组学流程)。该流程创新性地支持从NGS短读长、三代长读长、转录组、草图基因组到完整注释基因组等多种输入数据中自动提取同源编码区,实现同源序列比对、超级矩阵拼接及系统发育树构建的全自动化,为难以获得高质量基因组的稀有物种(如深海生物)的系统发育学研究提供了有力工具,有效扩展了系统发育研究的类群取样范围,并显著降低了此类研究的生物信息学门槛。

    来源:Molecular Ecology Resources

    时间:2026-03-14

  • 食性特化塑造蜣螂肠道菌群多样性:从食粪到捕食马陆的生态与进化视角

    本文以蜣螂为模型,深入探究了五种食性(食粪、食腐、食碎屑、食菌、肉食)如何主导性地塑造其肠道细菌群落的结构与多样性。研究发现,宿主系统发育与食性共同驱动肠道菌群组成,其中食性是更强的主导因素,可超越系统发育限制,促使拥有相似食性的不同昆虫类群在菌群上趋同。尤其首次揭示了专性捕食马陆的蜣螂拥有最独特、多样性最低的菌群,凸显了极端食性对微生物群落强大的选择压力。文章强调了饮食作为关键生态过滤器在宿主-微生物互作中的核心作用,为理解昆虫通过肠道微生物适应特化食性及生态位分化提供了重要见解。

    来源:Environmental Microbiology Reports

    时间:2026-03-14

  • 转录组分析揭示桃色欧文氏菌Cp2跨界致病因子的分子机制

    本研究通过建立紫花苜蓿根部感染模型和小鼠灌胃模型,结合转录组测序(RNA-seq)技术,系统分析了桃色欧文氏菌(Erwinia persicina)菌株Cp2在侵染植物与动物宿主过程中的差异表达基因(DEGs)及其功能,鉴定出生物膜相关蛋白(Bap)是介导其跨界致病性的关键毒力基因,为理解病原菌跨宿主界别的感染策略提供了新见解。

    来源:Environmental Microbiology Reports

    时间:2026-03-14

  • 氮肥施用通过改变根际微生物群落来提高花生产量:一项为期两年的田间研究

    花生土壤微生物群落对氮肥施用的响应及关键物种功能机制研究。该研究通过两年实验,分析不同土壤区室、生长阶段和氮肥水平(0、67.5、135 kg N·ha⁻¹)下花生土壤细菌和真菌群落结构。结果表明:土壤区室对微生物群落影响最大(细菌R²=0.37,真菌R²=0.23),氮肥显著增加细菌模块3(以Gammaproteobacteria、Isosphaeraceae等为主)丰度,与地上部干重(r=0.52)、英果干重(r=0.36)及氮含量相关。结构方程模型揭示氮肥通过提高土壤pH和关键微生物丰度间接促进英果干重,而关键微生物亦直接增强产量。适度氮肥(减半)可持续花生高产。

    来源:Applied Soil Ecology

    时间:2026-03-14

  • 东南极站附近土壤中天然和人工放射性核素的活动浓度:对人员安全与环境监测的影响

    本研究在东南极Progress、Molodyozhnaya和Bunger三个绿洲区域采集土壤样本,测定天然放射性核素(40K、232Th、226Ra、137Cs)活度浓度,发现其均高于全球平均水平,其中226Ra与232Th呈强正相关。通过计算辐射等效活度、外照射剂量率等指标,发现Progress站周边部分区域风险指数超过1.0,可能对站员健康构成潜在威胁。研究结果为东南极环境放射性监测提供了基础数据。

    来源:Marine Pollution Bulletin

    时间:2026-03-14

  • 植物水分关系差异介导两种同属荒漠灌木的生态位分化 中文标题

    为阐明荒漠植物在异质水分环境下共存的功能多样性机制,研究人员以占据丘间低地的梭梭(Haloxylon ammodendron)和定居沙丘的白梭梭(H. persicum)为研究对象,通过野外样带调查、土壤水分测定及系列水力性状分析,揭示了土壤水分细微变化驱动植物水力效率-安全性权衡及组织储水能力差异,从而塑造物种生态位分化的关键过程。本研究为理解荒漠植物适应性及退化生态系统修复提供了重要理论基础。

    来源:Plant Diversity

    时间:2026-03-14

  • 为推进聚乙烯生物降解研究奠定基础:利用环境和实验室模型微生物对聚乙烯替代物的系统性研究

    本篇研究为深入探索聚乙烯(Polyethylene, PE)这一顽固性塑料的生物降解提供了关键资源。研究团队通过筛选和鉴定多种能够降解聚乙烯替代物(PE-surrogate,包括低熔点/高熔点石蜡和聚蜡)的微生物,重点分析了其基因组特征、生长偏好以及对不同支化度替代物的降解能力,并识别出Acinetobacter baylyi和Rhodococcus jostii等模型微生物为高效的降解菌株。这项工作构建了一个包含基因组序列、生长数据和生化特性的详细资源库,旨在加速对固体碳氢化合物生物降解机制的解析,为应对塑料污染提供科学依据。

    来源:Environmental Microbiology Reports

    时间:2026-03-14

  • 土壤与基因型协同塑造甘蔗根际微生物组以增强环境适应性

    本研究深入探讨了土壤性质(黏土和砂质壤土)与甘蔗基因型(IACSP-5503和IACSP-6007)如何交互作用,共同影响其微生物组(microbiome)组成和宿主转录反应。结果表明,在低肥力砂土中,适应性更强的IACSP-5503基因型能特异性招募更多样的植物促生菌(PGPB),并激活生长相关基因;而在黏土中,适应性较弱的IACSP-6007则通过增强微生物招募作为补偿策略。该研究揭示了基因特异性微生物互作与转录谱是驱动甘蔗适应不同土壤环境的关键,为通过微生物组工程培育优化甘蔗品种、实现可持续农业生产提供了新见解。

    来源:Environmental Microbiology Reports

    时间:2026-03-14

  • 长期施用有机改良剂可通过促进温室蔬菜土壤中特定微生物的繁殖,加速秸秆的分解过程

    秸秆分解与有机肥配施对温室蔬菜土壤微生物群落及酶活性的影响研究,发现有机 amendments(特别是秸秆还田)显著加速秸秆分解,提升纤维素、半纤维素和木质素降解率,促进碳氮释放。微生物群落中细菌组成趋于一致,而真菌(如子囊菌门、担子菌门等)呈现分化,酶活性动态变化揭示早期微生物驱动效应。

    来源:Applied Soil Ecology

    时间:2026-03-14

  • 利用标准化的CoralWatch参考数据,对珊瑚白化现象进行补丁级(patch-level)的比色定量分析,以监测海洋污染情况

    珊瑚白化作为海洋污染生态指标,传统人工评估存在主观性、效率低的问题。本文提出AutoCoralMatch系统,通过RAUNE-Net去雾、Grounding DINO/SAM2目标检测与分割、几何校正及CIELAB空间ΔE00量化分析,实现珊瑚白化自动检测与标准化评估。经实验室与实地验证,系统在阿联酋阿拉伯湾礁区的误检率低于5%,支持污染关联应力因子量化,可生成CSV/PDF报告并符合FAIR数据原则。

    来源:Marine Pollution Bulletin

    时间:2026-03-14

  • 天山山脉作为生物地理屏障驱动狭叶香蒲南北分化与局地适应

    本研究旨在阐明干旱中亚地区核心山脉——天山如何作为生物地理屏障塑造湿地植物的遗传分化与适应性进化。研究者构建了狭叶香蒲染色体级别基因组,并整合群体基因组学与环境分析,揭示了天山山脉导致的明显南北遗传分化、约8.81万年前分化后基因流中断,以及南北群体响应局地环境形成的不同适应性特征。研究发现了范围性的平行选择性清除和北部群体特异的适应性基因块,提出了“时空环境筛选”生物多样性模型,为理解山区地形与气候如何协同作用以产生进化新颖性并增强遗传恢复力提供了关键框架。

    来源:Plant Diversity

    时间:2026-03-14

  • 气候变化为植食性害虫创造“天敌真空”,危及农业生物防治与全球粮食安全

    本研究综述指出,气候变化(CC)驱动的害虫分布范围扩张,将导致其与天敌(如寄生蜂、捕食者)之间出现空间错配,使多数害虫(57%–100%)经历“天敌释放”(enemy release),生物防治(biological control)服务被削弱。这种变化尤其威胁赤道带粮食短缺地区的作物产量,凸显了在环境变化下维护农田生物多样性生态保障功能、寻求综合及环境友好型解决方案的紧迫性。

    来源:Global Change Biology

    时间:2026-03-14

  • 基于数学建模与田间验证的堆肥衍生芽孢杆菌植物促生潜力评估研究

    本研究通过一套创新的整合框架,系统地评估了市售堆肥中分离出的多株芽孢杆菌的植物促生(PGP)潜力。研究结合了详尽的体外功能特性定量(如营养活化、激素合成、抗逆酶活性、生物膜形成等)与在玉米和秋葵上的田间试验验证,并创新性地应用了一个基于多参数归一化的加权评分系统,对菌株进行综合排序。这项工作不仅筛选出具有显著应用前景的菌株,更重要的是提出了一种透明、可比较的评估方法,为从复杂环境中理性筛选高效植物根际促生菌(PGPB),推动可持续微生物农业的发展提供了科学依据。

    来源:Environmental Microbiology Reports

    时间:2026-03-14

  • 在多种农业耕作方式下,可生物降解塑料和传统微塑料对受镉(Cd)和砷(As)污染土壤的健康状况以及金属迁移性的影响存在差异

    可降解塑料(BMPs)与常规塑料(CMPs)对Cd/As复合污染土壤中作物生长、微生物群落及重金属迁移的影响存在显著差异。研究发现BMPs更易改变土壤pH、有机碳及氮含量,抑制水稻和芥菜生长,并通过调控硝酸盐还原相关微生物(如Bradyrhizobium、Dyella)显著降低土壤硝态氮。虽然所有塑料均减少Cd/As生物有效性,但BMPs导致更多Cd/As在作物中积累,尤其在非淹水条件下微生物群落稳定性下降更明显。

    来源:Applied Soil Ecology

    时间:2026-03-14

  • 关于两种新型非AOA(硝化球菌属)——Acidarchaeum fankouense和Thermosulfuris yongpingense在酸性矿山排水生态系统中的适应性与微进化过程的基因组学研究

    本研究在AMD环境中鉴定了44个非AOA Nitrososphaeria基因组组装(MAGs),揭示其代谢适应与进化动力,发现新属Acidarchaeum和Thermosulfuris,并解析其生态适应机制及演化规律。

    来源:Systematic and Applied Microbiology

    时间:2026-03-14

  • : 产前饥荒暴露如何重塑遗传对出生体重的调控效应及其远期代谢疾病风险

    本研究探讨了产前环境如何与遗传倾向相互作用,影响个体生命轨迹。Taeubert等学者基于荷兰饥饿冬季研究数据,探究了产前饥荒暴露、出生体重遗传易感性与成年后代谢风险因素间的关联。结果表明,妊娠中晚期暴露于饥荒会显著抑制遗传因素对出生体重的效应,且此效应与成年后更高的空腹血糖水平和腰围相关。这项研究为理解早期环境如何“改写”遗传编程,并塑造远期疾病风险提供了关键证据。

    来源:Communications Medicine

    时间:2026-03-14

  • 综述:根际细菌胞外多糖:恢复土壤肥力、促进植物生长和增强植物抗逆性的福音

    本综述系统阐释了微生物胞外多糖(EPS)在可持续农业中的关键作用。这类由细菌、真菌等产生的生物聚合物,不仅能通过改善土壤团聚结构(aggregation)、增强保水性来提升土壤健康,还能作为植物根际促生菌(PGPR)的生物膜组分,直接帮助植物抵御干旱、盐碱、重金属及极端温度等非生物胁迫,并展现出抗氧化、抗菌等药理活性,是一种可生物降解的环保型合成聚合物替代品。

    来源:Environmental Microbiology Reports

    时间:2026-03-14

  • 蜡样芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌和沙福芽孢杆菌基于基因组的IAA合成通路差异分析

    本研究报告对三种分离自太行山侧柏根际的芽孢杆菌菌株(蜡样芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、沙福芽孢杆菌)进行了比较基因组学和生化特性分析,首次系统性阐明了它们在生长素(IAA)合成代谢通路(TAM、IAM、IPyA)上的差异,为挖掘高产IAA的高品质微生物菌剂菌种资源和理解植物促生机制提供了重要的理论基础。

    来源:Environmental Microbiology Reports

    时间:2026-03-14

  • 结瘤与非结瘤大豆根际氮循环中,升温响应与臭氧敏感性之间的权衡

    根际氮循环对增温和臭氧复合胁迫的响应及其与大豆固氮特性的关联性。研究显示,共生固氮型大豆(Tiefeng-29)在增温下显著提升铵态氮和硝态氮有效性、微生物生物量及古菌氨氧化基因丰度,但对臭氧胁迫更敏感,其微生物生物量、硝化相关基因及酶活性降幅最大。非固氮型大豆(Clark L73-1054)虽对臭氧胁迫的响应相对较弱,但增温效应亦显著促进其氮循环指标。臭氧胁迫同时抑制两种基因型的微生物活性,但仅非固氮型大豆表现出产量与根际氮代谢的负相关。氮固定共生体系在增温中增强根际功能,但易受臭氧氧化损伤。

    来源:Applied Soil Ecology

    时间:2026-03-14

  • Callinectes sapidus(美味大虾)——从海岸到海岸:结合稳定同位素分析与宏基因组学技术,揭示两个地中海地区的营养动态及微食物(microlitter)的摄食情况

    微塑料摄入与营养生态学研究揭示地中海蓝花蟹区域差异。采用稳定同位素与宏基因组学方法分析亚得里亚海和第勒尼安海种群,发现 Tyrrhenian 蟹群微塑料摄入率(50%)显著高于 Adriatic(39%),且纤维组成差异显著(合成聚合物 vs. 纤维素主导),稳定同位素δ¹⁵N和δ¹³C显示两地种群营养级与食物来源存在空间特异性分化。123颗粒样本中合成聚合物占主导,研究为理解入侵物种生态适应机制提供新证据。

    来源:Marine Pollution Bulletin

    时间:2026-03-14


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